HIV-1 と暮らす南アフリカの人々の間で血漿ウイルス中の長末端リピートκB 転写因子結合部位の変異

Mutations in Long Terminal Repeats κB Transcription Factor Binding Sites in Plasma Virus Among South African People Living with HIV-1.

• Adetayo Emmanuel Obasa
• Manickam Ashokkumar
• Ujjwal Neogi
• Graeme Brendon Jacobs

抄録

HIV-1 サブタイプ C（HIV-1C）はサハラ以南のアフリカにおける感染の大部分を占めている。我々は、南アフリカのHIV感染者から血漿由来の63検体を選択し、転写因子結合部位を同定するために長末端リピート（LTR）アンプリコンを作成した。NF-κBは、ウイルスプロモーターからのウイルス遺伝子発現を調節し、ウイルス潜伏を制御する上で重要な役割を果たしている。LTRアンプリコンを配列決定し、系統的に解析した。解析した 63 個の配列のうち、II 位に F-κB サイト（=4; 6%）、I 位に F-κB サイト（=1; 1%）を同定した。そのうち、II位（＝50；79％）とI位（＝55；87％）にH-κBで同定された配列が大半を占めていました。また、４９個（＝４９；７８％）の配列がＣ-κＢサイトを示すことが判明した。ZA_LTR052は1点変異で同定された。南アフリカの患者における（=44; 70%）ウイルスプロモーターエンハンサー領域において、3つのNF-κB結合部位すべてを同定した。

HIV-1 subtype C (HIV-1C) is responsible for the majority of infections in sub-Saharan Africa. We selected 63 plasma-derived samples and generated long terminal repeats (LTRs) amplicons from people living with HIV in South Africa to identify transcription factor binding sites. NF-κB plays an important role in regulating the viral gene expression from the viral promoter and controlling viral latency. LTR amplicons were sequenced and phylogenetically analyzed. In our data set, we identified F-κB sites ( = 4; 6%) at position II and ( = 1; 1%) at position I among 63 sequences analyzed. The majority of the sequences identified with H-κB at position II ( = 50; 79%) and position I ( = 55; 87%). Forty-nine ( = 49; 78%) sequences were found to exhibit C-κB site. ZA_LTR052 was identified with a single point mutation. We identified all three NF-κB-binding sites in ( = 44; 70%) the viral promoter-enhancer regions in South African patients.