ブラジルから分離されたCryptococcus gattiiの臨床分離株および環境分離株の高い遺伝的変動性

High genetic variability of clinical and environmental Cryptococcus gattii isolates from Brazil.

• Anderson Mançan Vilas-Bôas
• Leonardo Euripedes Andrade-Silva
• Kennio Ferreira-Paim
• Delio José Mora
• Thatiana Bragine Ferreira
• Daniel de Assis Santos
• Aercio Sebastião Borges
• Marcia de Souza Carvalho Melhem
• Mario Léon Silva-Vergara

抄録

Cryptococcus gattiiの遺伝子型のうち，VGIIは温帯地域での集団発生に関連していることや，その変異性の高さから，疫学的，臨床的，遺伝学的に極めて重要な意味を持つ遺伝子型である。本研究の目的は，ブラジル南東部から分離された25株のC. gattiiを，ブラジルの他の地域や世界各地から分離された分離株と比較することであった。25株のうち，24株がVGII株，1株がVGI株であった。いずれも新たに同定されたものであった。また，新たに3つの対立遺伝子型（AT）（URA5遺伝子座のAT47，LAC1遺伝子座のAT56，IGS1領域のAT96）が報告された．ブラジルの他の分離株と比較して、南東部の分離株が最もハプロタイプの多様性を示した。一般的に、各地域では異なる配列型（ST）を示しており、複数の場所で見つかったSTは9つのみであった。GoeBURST解析の結果、ブラジルの分離株には2つの大きなグループが存在した。最大のグループは、主に北・東北地方の59個のSTであり、もう一つの大きなグループは、南東部・中西部の57個のSTである。遺伝的多様性は、南米の分離株が最も高く（STs=145、ハプロタイプ多様性（Hd）=0.999、π=0.00464）、アフリカの分離株が最も低い（STs=3、Hd=0.667、π=0.00225）ことが明らかになった。これらの結果は，ブラジルのC. gattii VGII集団が高度に多様であることを確認し，この遺伝子型が南米から分散しているという仮説を補強するものであった．

Among Cryptococcus gattii genotypes, VGII has gained pivotal relevance in epidemiological, clinical and genetic contexts due to its association with several outbreaks in temperate regions and due to the high variability of this genotype. The aim of this study was to compare 25 isolates of C. gattii from the Southeast region of Brazil with previously described isolates from other regions of the country and around the world. Among the 25 isolates, 24 were VGII and one was VGI. All of them were newly identified. Three new allele types (AT) (AT47 for the URA5 locus, AT56 for the LAC1 locus, and AT96 for the IGS1 region) were also described. Compared with other Brazilian isolates, those from the Southeast region presented the greatest haplotype diversity. In general, the regions presented different sequence types (STs), and only nine STs were found in more than one location. GoeBURST analysis showed two large groups among the Brazilian isolates. The largest group consists of 59 STs predominantly from the North and Northeast regions; the other large group includes 57 STs from the Southeast and Midwest regions. In a global context the South American isolates presented the highest genetic diversity (STs = 145, haplotype diversity (Hd) = 0.999 and π = 0.00464), while the African populations showed the lowest genetic diversity (STs = 3, Hd = 0.667 and π = 0.00225). These results confirm that the Brazilian C. gattii VGII population is highly diverse and reinforce the hypothesis of dispersion of this genotype from South America.

© The Author(s) 2020. Published by Oxford University Press on behalf of The International Society for Human and Animal Mycology.