sp. nov.は，.Chenopodiaceae

sp. nov., a novel endophytic actinobacterium isolated from roots of .

• Hong-Fei Wang
• Xin-Yang Li
• Rui Gao
• Yuan-Guo Xie
• Min Xiao
• Qiu-Li Li
• Wen-Jun Li

抄録

中国北西部の新疆ウイグル自治区で採取されたSchischk.の根から新規な内生性放線菌EGI650086株を分離した。この菌株の分類学的位置を多相分類法を用いて調べた。生育は15〜40℃、pH6.0〜8.0、0〜6"Zs_200A"%NaCl(w/v)の存在下で行った。16S rRNA遺伝子の配列と22のタンパク質マーカー遺伝子の結合に基づく系統解析の結果、EGI 650086株は属内で単系統のクラッドを形成し、JCM 14717株（97.1"Zs_200A"%）およびDSM 44468株（97.0"Zs_200A"%）と最も高い配列類似性を示した。同属の他種の型株との配列類似度は97.0"Zs_200A"%以下であった。EGI 650086株と基準株との間の平均ヌクレオチド同一性およびDNA-DNAハイブリダイゼーション値は、それぞれ78.1-79.8"Zs_200A"%および22.1-23.0"Zs_200A"%であった。EGI 650086株のゲノムは10.9Mb、DNA G+C含量は70.1mol%であった。ペプチドグリカン中の診断用ジアミノ酸は-ジアミノピメル酸であった。主要な全細胞糖はアラビノース、ガラクトース、グルコースおよびリボースを含んでいた。主なメナキノンは、ＭＫ-９（Ｈ）、ＭＫ-９（Ｈ）であった。主な脂肪酸は-Ｃであり、特徴４（-ＣＩおよび／または-ＣＢ）を合計したものであった。株ＥＧＩ６５００８６の極性脂質プロファイルは、ジホスファチジルグリセロール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルエタノールアミン、ヒドロキシホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルイノシトールマンノシド、未知の２つのリン脂質、未知の糖脂質および未知の脂質を含んでいた。多相分類学的特徴から，EGI 650086株は同属の新種であることが示唆された。型株はEGI 650086（=KCTC 49044=CGMCC 4.7188）である。

A novel endophytic actinobacterium, designated strain EGI 650086, was isolated from the roots of (C.A.Mey.) Schischk. collected in Xinjiang, north-west China. The taxonomic position of the strain was investigated using a polyphasic taxonomic approach. Growth occurred at 15-40 °C, pH 6.0-8.0 and in the presence of 0-6 % NaCl (w/v). Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence and concatenation of 22 protein marker genes revealed that strain EGI 650086 formed a monophyletic clade within the genus and shared the highest sequence similarities with JCM 14717 (97.1 %) and DSM 44468 (97.0 %). Sequence similarities with type strains of other species of the genus were less than 97.0 %. The average nucleotide identity and DNA-DNA hybridization values between strain EGI 650086 and the reference strains were 78.1-79.8 % and 22.1-23.0 %, respectively. The genome of strain EGI 650086 was 10.9 Mb, with a DNA G+C content of 70.1 mol%. The diagnostic diamino acid in the peptidoglycan was -diaminopimelic acid. The major whole-cell sugars contained arabinose, galactose, glucose and ribose. The predominant menaquinones were MK-9 (H) and MK-9 (H). Major fatty acids were -C and summed feature 4 (-C I and/or -C B). The polar lipid profile of strain EGI 650086 included diphosphatidylglycerol, phosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, hydroxy-phosphatidylethanolamine, phosphatidylinositol, phosphatidylinositol mannosides, two unknown phospholipids, an unknown glycolipid and an unknown lipid. Polyphasic taxonomic characteristics indicated that strain EGI 650086 represents a novel species of the genus , for which the name sp. nov. is proposed. The type strain is EGI 650086 (=KCTC 49044=CGMCC 4.7188).