日本語AIでPubMedを検索
ホモ接合性マッピングと全エクソームシークエンシングにより、サウジアラビアのある家族のコーエン症候群の正確な診断が可能となった
Homozygosity mapping and whole exome sequencing provide exact diagnosis of Cohen syndrome in a Saudi family.
PMID: 32402540 DOI: 10.1016/j.braindev.2020.04.010.
抄録
背景:
コーエン症候群（CS）は、フィンランド人に高い有病率を示す稀な多系統常染色体劣性疾患である。フィンランド人型のCSの臨床的特徴は均質であるが、フィンランド人以外の集団では、表現型のばらつきが大きいため、CSの診断は困難である。
BACKGROUND: Cohen syndrome (CS) is a rare multi-system autosomal recessive disorder with a high prevalence in the Finnish population. Clinical features of Finnish-type CS are homogeneous, however, in non-Finnish populations, CS diagnosis is challenging due to broad phenotypic variability.
方法:
我々は、重度の知的障害と全世界的な発達遅延を臨床的特徴とする3人の患者を持つ血縁家族を対象に研究を行った。表現型の臨床診断は、これらの特徴に基づいて行うことができなかった。そこで、全ゲノムSNPジェノタイピングと全エクソームシークエンシング（WES）を、罹患者と非罹患者の家族から採取したDNAを用いて行った。
METHODS: We studied a consanguineous family having three affected individuals with clinical features of severe intellectual disability and global developmental delay. Clinical diagnosis of the phenotype could not be established based on the features. Therefore, whole genome SNP genotyping and whole exome sequencing (WES) were performed on DNA samples from affected and unaffected family members.
結果:
ホモ接合性マッピングの結果、8q22.1-q22.3染色体上のヘテロ接合性領域の共有欠損が確認され、WESデータ解析の結果、VPS13B遺伝子に挿入欠失（インデル）変異（c.11519_11521delCAAinsT）が確認された。このインデルは、VPS13Bタンパク質の早期終結をもたらすフレームシフトを引き起こすと予測されています（NP_060360.3:p.Pro3840Leufs*2）。
RESULTS: Homozygosity mapping identified a shared loss of heterozygosity region on chromosome 8q22.1-q22.3 and WES data analysis revealed an insertion-deletion (indel) mutation (c.11519_11521delCAAinsT) in the VPS13B gene. The indel is predicted to cause a frameshift resulting in a premature termination of the VPS13B protein (NP_060360.3:p.Pro3840Leufs*2).
結論:
VPS13Bは、Vacuolar protein sorting 13 homolog Bと呼ばれる巨大な膜貫通タンパク質をコードしています。VPS13Bは、ゴルジ体タンパク質のグリコシル化やエンドソーム-リソーム間の輸送に関与していることが知られています。さらに、小胞を介した細胞内のタンパク質の輸送・選別にも機能していると考えられています。VPS13Bタンパク質の異常がCSの表現型につながるメカニズムは、現在のところ不明である。本研究では、ゲノム解析を用いて、ある家族のCS症例の臨床診断を確立することに成功した。症例の臨床再検査では，特徴的な眼球異常が認められた．
CONCLUSION: VPS13B encodes a giant transmembrane protein called vacuolar protein sorting 13 homolog B. VPS13B is known to play a role in the glycosylation of Golgi proteins and in endosomal-lysosomal trafficking. Moreover, it is thought to function in vesicle mediated transport and sorting of proteins within the cell. The mechanism by which abnormalities of the VPS13B protein lead to the phenotype of CS is currently unknown. Here, in this study, we successfully established a clinical diagnosis of CS cases from a family using genomic analyses. Clinical re-examination of the patients revealed characteristic ocular abnormalities.
Copyright © 2020 The Japanese Society of Child Neurology. Published by Elsevier B.V. All rights reserved.