水痘帯状疱疹ウイルスの繰り返し領域（R1～R5）の解析

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Virology.2020 Jul;546:38-50. S0042-6822(20)30061-1. doi: 10.1016/j.virol.2020.03.008.Epub 2020-04-04.

水痘帯状疱疹ウイルスの繰り返し領域（R1～R5）の解析

Analysis of the reiteration regions (R1 to R5) of varicella-zoster virus.

Nancy J Jensen
Daniel P Depledge
Terry Fei Fan Ng
Jessica Leung
Mark Quinlivan
Kay W Radford
Jennifer Folster
Hung-Fu Tseng
Philip LaRussa
Steven J Jacobsen
Judith Breuer
D Scott Schmid

PMID: 32452416 DOI: 10.1016/j.virol.2020.03.008.

抄録

水痘帯状疱疹ウイルス（VZV）ゲノムは、ユニークな領域と繰り返し領域の両方から構成されています。ゲノムには、R1からR5と呼ばれる繰り返し領域も含まれており、これはエレメントと呼ばれるタンデムに繰り返される配列である。これらの領域は、VZVゲノムの中でも特に研究が進んでいない領域です。R4領域は重複しており、我々はR4Aと名付けた内部リピートショート（IR）に1コピー、R4Bと名付けた末端リピートショート（TR）に2番目のコピーを持っています。私たちは、これらの領域を増幅し、サンガー配列を決定するためのプライマーを開発しました。PCRで確認された80例以上の帯状疱疹からの反復領域を配列決定し、解析した。これらのウイルスの残りの部分の完全なゲノム配列をIllumina MiSeqを用いて決定した。その結果、これまでに報告されていない28の要素が同定され、各R領域に少なくとも1つの要素が含まれていた。長さの不均一性は、R3、R4AおよびR4Bにおいて実質的なものであった。R4の2つのコピー間の長さの不均一性は共通していた。

The varicella-zoster virus (VZV) genome, comprises both unique and repeated regions. The genome also includes reiteration regions, designated R1 to R5, which are tandemly repeating sequences termed elements. These regions represent an understudied feature of the VZV genome. The R4 region is duplicated, with one copy in the internal repeat short (IRs) which we designated R4A and a second copy in the terminal repeat short (TRs) termed R4B. We developed primers to amplify and Sanger sequence these regions, including independent amplification of both R4 regions. Reiteration regions from >80 cases of PCR-confirmed shingles were sequenced and analyzed. Complete genome sequences for the remaining portions of these viruses were determined using Illumina MiSeq. We identified 28 elements not previously reported, including at least one element for each R region. Length heterogeneity was substantial in R3, R4A and R4B. Length heterogeneity between the two copies of R4 was common.