STK11のイントロン5の3'ポリピリミジン管における新規な1ヌクレオチド置換による欠失的ミススプライシング

Deleterious mis-splicing of STK11 caused by a novel single-nucleotide substitution in the 3' polypyrimidine tract of intron five.

• Thorkild Terkelsen
• Ole H Larsen
• Søren Vang
• Uffe B Jensen
• Friedrik Wikman

抄録

背景:

STK11（LKB1とも呼ばれる）の病原性変異体は、粘膜皮膚色素の変化、ポリープ症、および癌の高リスクを特徴とするまれな常染色体優性疾患であるポイツ-ジェガーズ症候群を引き起こす。

BACKGROUND: Pathogenic variants in STK11, also designated as LKB1, cause Peutz-Jeghers syndrome, which is a rare autosomal dominant disorder characterized by mucocutaneous pigmentation changes, polyposis, and a high risk of cancer.

方法:

Peutz-Jeghers症候群の臨床診断基準を満たす男性が次世代シークエンスを受けた。検出された STK11 変異体の予測されるスプライシングの影響を検証するために、患者由来のエプスタインバーウイルス形質転換リンパ球から抽出された mRNA をシクロヘキシミドで処理し、ex vivo でのナンセンス媒介崩壊を抑制して RNA-Seq を行った。

METHODS: A male meeting the clinical diagnostic criteria for Peutz-Jeghers syndrome underwent next-generation sequencing. To validate the predicted splicing impact of a detected STK11 variant, we performed RNA-Seq on mRNA extracted from patient-derived Epstein-Barr virus-transformed lymphocytes treated with cycloheximide to inhibit nonsense-mediated decay ex vivo.

結果:

血液検査により、STK11のイントロン5の3'ポリピリミジントラクトの末端に、新規の1ヌクレオチド置換、NM_000455.4:c.735-10C>Aが確認された。RNA-Seqにより、予測された8塩基対の挿入がmRNA転写物に確認された。ナンセンス媒介崩壊を阻害した後、すべてのRNA-Seqリードの50％でフレーム外挿入が検出された。このことから、このバリアントの強力で劇症的なスプライシングの影響が確認されました。

RESULTS: Blood testing identified a novel single-nucleotide substitution, NM_000455.4:c.735-10C>A, at the end of the 3' polypyrimidine tract of intron five in STK11. RNA-Seq confirmed a predicted eight base pair insertion in the mRNA transcript. Following inhibition of nonsense-mediated decay, the out-of-frame insertion was detected in 50% of all RNA-Seq reads. This confirmed a strong, deleterious splicing impact of the variant.

結論:

STK11の5番目のイントロンにおいて、ポイツ-ジェガーズ症候群と関連した病原性のある生殖細胞の変異体を同定した。この研究は、RNA-Seqが遺伝性がん素因検査の有用な補助手段であることを強調している。

CONCLUSION: We characterized a novel likely pathogenic germline variant in intron five of STK11 associated with Peutz-Jeghers syndrome. The study highlights RNA-Seq as a useful supplement in hereditary cancer predisposition testing.

© 2020 The Authors. Molecular Genetics & Genomic Medicine published by Wiley Periodicals LLC.