全ゲノムシークエンシングにより、小児の腎不全症の原因となるXPNPEP3の新規変異が明らかになった

Whole Exome Sequencing Reveals a XPNPEP3 Novel Mutation Causing Nephronophthisis in a Pediatric Patient.

• Rasoul Alizadeh
• Sanaz Jamshidi
• Mohammad Keramatipour
• Parisa Moeinian
• Rozita Hosseini
• Hasan Otukesh
• Saeed Talebi

抄録

背景:

NPHP は AR 遺伝パターンを示す進行性の尿細管腎疾患です。これまでに20種類以上の様々な遺伝子が検出されており、NPHP1が最初に検出されました。XPNPEP3変異はNPHP様1腎症や遅発性NPHPと関連している。

Background: NPHP is a progressive tubulointestinal kidney condition that demonstrates an AR inheritance pattern. Up to now, more than 20 various genes have been detected for NPHP, with NPHP1 as the first one detected. XPNPEP3 mutation is related to NPHP-like 1 nephropathy and late onset NPHP.

研究方法:

プロブランド（インデックス患者）は多飲多尿、多飲多尿、慢性腎臓病を患っており、臨床的にNPHPが疑われていた。プロブンドとその両親から血液サンプルを採取した後、婚姻関係にあるプロブンドの可能性のあるバリアントを同定するためにWESを実施した。変異体の機能的重要性はバイオインフォマティクス解析により推定された。罹患したプローブドとその両親において、変種の確認と分離分析のためにサンガー塩基配列決定が行われた。

Methods: The proband (index patient) had polyuria, polydipsia and chronic kidney disease who was clinical suspected of NPHP. After collection of blood sample from proband and her parents, WES was performed to identify the possible variants in a proband from a consanguineous marriage. The functional importance of variants was estimated by bioinformatic analysis. In the affected proband and her parents, Sanger sequencing was conducted for variants' confirmation and segregation analysis.

結果:

この患者の臨床的、非臨床的な調査は参考にならなかった。今回、WESを用いて、XPNPEP3の新規ホモ接合型フレームシフト変異（NM_022098.2: c.719_720insA; p. Q241Tfs*13）が検出され、サンガーシークエンシングによりXPNPEP3に挿入が確認されました。

Results: Clinical and paraclinical investigations of the patient was not informative. By using WES, we, herein, a novel homozygous frameshift mutation in XPNPEP3 was detected (NM_022098.2: c.719_720insA; p. Q241Tfs*13) and Sanger sequencing demonstrated an insertion in XPNPEP3.

結論:

XPNPEP3の新規変異体p.Q241Tfs*31のホモ接合遺伝子型は、幼児期にNPHPを引き起こす可能性がある。

Conclusion: The homozygous genotype of the novel p.Q241Tfs*31 variant in XPNPEP3 may cause NPHP in the early childhood age.