23遺伝子発現シグネチャー（myPath Melanoma）の蛍光その場ハイブリダイゼーションアッセイとシングルヌクレオチド多型アレイとのコンコーダンス解析による難治性黒色細胞性病変の解析。学術医療センターからの結果

Concordance Analysis of the 23-Gene Expression Signature (myPath Melanoma) With Fluorescence In Situ Hybridization Assay and Single Nucleotide Polymorphism Array in the Analysis of Challenging Melanocytic Lesions: Results From an Academic Medical Center.

• Stephanie A Castillo
• Anh K Pham
• Alicia T Dagrosa
• Shaofeng Yan
• Dorothea T Barton
• Joel A Lefferts
• Konstantinos Linos

抄録

背景:

蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）および一塩基多型（SNP）アレイは、困難なメラノサイト病変の分析のための確立された分子検査である。myPath Melanomaとして販売されている23遺伝子発現シグネチャ（GES）は、最近導入された分子検査で、メラノサイト病変を「良性」、「悪性」、「不確定」に分類します。メラノサイト病変の解析におけるFISH、SNP、GESの一致性に関する研究はほとんどありません。

BACKGROUND: Fluorescence in situ hybridization (FISH) and single nucleotide polymorphism (SNP) arrays are well-established molecular tests for the analysis of challenging melanocytic lesions. A 23-gene expression signature (GES), marketed as myPath Melanoma, is a recently introduced molecular test that categorizes melanocytic lesions as "benign," "malignant," and "indeterminate." There are few studies on the concordance between FISH, SNP, and GES in the analysis of melanocytic lesions.

方法:

2つ以上の技術を用いて分子解析を行った難治性メラノサイト性病変の連続症例61例を対象とした単一施設のレトロスペクティブ解析。第一の目的は、検査間の一致度を決定することであり、一致度はパーセントで計算された。副次的な目的は、2つ以上の分子検査を行った場合の複合検査の成績、すなわち、検査が成功した頻度（異常か正常か、良性か悪性かの結果が得られた検査）を決定することであった。

METHODS: A single-institution retrospective analysis of 61 contiguous cases of challenging melanocytic lesions with molecular analysis by 2 or more techniques. The primary objective was to determine the intertest agreement, which was calculated as percent agreement. A secondary objective was to determine the combined-test performance, that is, the frequency of obtaining a successful test (a test with an abnormal or normal, benign or malignant result) when 2 or more molecular tests were performed.

結果:

61例のうち，GESによる解析は58例，FISHによる解析は44例，SNPアレイによる解析は21例であった．GESとFISHアレイの一致率は50.9％（18/34）であったが、不定・不明確な結果を除くと69.7％（18/23）に改善した。同様に、GESとSNPアレイの一致率は57.1％（8/14）であったが、これは不確定/不明瞭な結果を除外した場合には77.8％（7/9）に改善した。GESとFISHでは44％の症例、GESとSNPでは39％の症例で、一方の検査が成功し、他方の検査が不成功であった。

RESULTS: Of the 61 cases, 58 cases were submitted for analysis using the GES assay, 44 cases were submitted for FISH analysis, and 21 cases were submitted for SNP array analysis. Percent agreement between GES and FISH array was 50.9% (18/34), which improved to 69.7% (18/23) when indeterminate/equivocal results were excluded. Similarly, percent agreement between GES and SNP array was 57.1% (8/14); this improved to 77.8% (7/9) when indeterminate/equivocal results were excluded. In 44% of cases submitted for GES and FISH and in 39% of cases submitted for GES and SNP, one test was successful and the other was not.

結論:

困難なメラノサイト性病変については、GESアッセイがFISHおよびSNPアレイと相関したのは約半分の時間だけであったため、分子検査の選択は重要である。この結果は、不確定な結果が得られた／明らかな結果が得られなかった症例を計算から除外すると改善された。複合検査分析は、複数の分子検査を実施することの有用性を支持するものであり、これにより検査が成功する確率が向上した。

CONCLUSION: For challenging melanocytic lesions, the choice of a molecular test is consequential as the GES assay correlated with FISH and SNP arrays approximately only half of the time. This improved when cases with indeterminate/equivocal results were excluded from the calculations. The combined-test analysis supports the utility of conducting more than one molecular test, as this increased the odds of obtaining a successful test.