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Analysisof RNA-DNA Triplex Structures In Vitro and In Vivo
Analysis of RNA-DNA Triplex Structures In Vitro and In Vivo.
PMID: 32681516 DOI: 10.1007/978-1-0716-0680-3_16.
抄録
RNAは、Hoogsteen塩基対を介してプリンに富んだDNAの主要な溝に結合し、特定のDNA配列にRNAを固定する3重らせん状のRNA-DNA構造を形成することができ、それによってRNAに関連する調節タンパク質をゲノムの異なる部位に標的化することができる。ここでは、あるRNAがin vitroで三重らせん構造を形成する可能性を解析し、in vivoでこれらの構造を検証する方法を紹介します。
RNA can bind within the major groove of purine-rich DNA via Hoogsteen base pairing and form a triple helical RNA-DNA structure that anchors the RNA to specific DNA sequences, thereby targeting RNA-associated regulatory proteins to distinct genomic sites. Here we present methods to analyze the potential of a given RNA to form triplexes in vitro and to validate these structures in vivo.