平成2年11月1日に厚生大臣（当時）より社団法人として設立認可。内閣総理大臣から公益社団法人として認定を受け、平成24年4月1日、公益社団法人日本医業経営コンサルタント協会に移行。
当協会は、「医療・保健・介護・福祉に関する調査・研究等を行い、医業経営に係わるコンサルタントの水準の確保と資質の向上を図り、医業の社会公共性を経営面から支援活動することにより、持続可能な医業経営の健全化・安定化に資する」ことを目的に活動している。