培養陰性細菌性心内膜炎の診断のための独立した遺伝的標的のPCRと配列決定

PCR and sequencing of independent genetic targets for the diagnosis of culture negative bacterial endocarditis.

• X Qin
• K B Urdahl

抄録

16S rDNA PCR および配列決定のための広範なプライマーを利用した分子法は、培養陰性診断細菌学におけるその有用性が広く評価されてきた。しかし、特に同様に感度の高い確認法がない場合のPCR結果の偽陽性の発生率を決定することが困難であるため、この感度の高い技術を広く臨床で使用することができない。ここでは、培養陰性の心内膜炎の2例を報告しているが、16S rDNAワイドレンジプライマーを用いたPCRでは、それぞれBartonella spp.およびStreptococcus oralisに特異的な配列が得られた。これらの結果を確認するために，各生物に対して第2の種または属に特異的な分子標的を選択し，分割されたサンプルから順次検出した．このように、第二の種特異的標的の分子検出は、16S rDNAワイドレンジプライマーから生成されたPCR結果を確認するために使用することができ、また、実験室での検体処理および試験中の環境およびアンプリコンのキャリーオーバー汚染に起因する潜在的な偽陽性結果を制御するために使用することができます。

Molecular methods utilizing broad-range primers for 16S rDNA PCR and sequencing have been widely evaluated for their utility in culture negative diagnostic bacteriology. Difficulties in determining the incidence of false positive PCR results, especially in the absence of an equally sensitive confirmatory method however, have prevented wide clinical use of this sensitive technology. Here we report two cases of culture-negative endocarditis, in which PCR using 16S rDNA broad-range primers generated sequences specific for Bartonella spp. and Streptococcus oralis, respectively. To confirm these results, a second species- or genus-specific molecular target was chosen for each organism and detected in the split samples sequencially. Thus, molecular detection of a second species-specific target can be used to confirm PCR results generated from 16S rDNA broad-range primers and to control for potential false positive results due to environmental and amplicon carry-over contamination during specimen processing and testing in the laboratory.