jmodeltest.org: クラウド上でのヌクレオチド置換モデルの選択

jmodeltest.org: selection of nucleotide substitution models on the cloud.

• Jose Manuel Santorum
• Diego Darriba
• Guillermo L Taboada
• David Posada

抄録

ヌクレオチド置換モデルの選択は現代の系統解析の主要なステップの一つです。このタスクを達成するために様々なツールが存在しますが、中でもjModelTest 2 (jMT2)は最もポピュラーなツールの一つです。しかし、何百、何千もの遺伝子座の大規模な DNA アラインメントを扱うためには、jMT2 のユーザーはインストールや設定機能を含むハイパフォーマンスコンピューティングクラスタへのアクセスを必要としますが、必ずしも条件が満たされているとは限りません。ここでは、jMT2を様々なプラットフォーム上で、幅広いユーザーのために透過的に実行するための新しいウェブサーバーであるjmodeltest.orgを紹介します。その主な利点は、簡単な実行で、設定/実行の問題を回避し、ほとんどの場合、解析を完了するために必要な時間を大幅に短縮することです。

The selection of models of nucleotide substitution is one of the major steps of modern phylogenetic analysis. Different tools exist to accomplish this task, among which jModelTest 2 (jMT2) is one of the most popular. Still, to deal with large DNA alignments with hundreds or thousands of loci, users of jMT2 need to have access to High Performance Computing clusters, including installation and configuration capabilities, conditions not always met. Here we present jmodeltest.org, a novel web server for the transparent execution of jMT2 across different platforms and for a wide range of users. Its main benefit is straightforward execution, avoiding any configuration/execution issues, and reducing significantly in most cases the time required to complete the analysis.