柑橘類の木におけるクロステロウイルス、バッドナウイルス、マンダリウイルスと黄龍ビン菌の同時検出のためのマルチプレックスポリメラーゼ連鎖反応法の開発（英文

/ /

日本語AIでPubMedを検索

PubMedの提供する医学論文データベースを日本語で検索できます。AI(Deep Learning)を活用した機械翻訳エンジンにより、精度高く日本語へ翻訳された論文をご参照いただけます。

J. Virol. Methods.2016 09;235:58-64. S0166-0934(16)30251-8. doi: 10.1016/j.jviromet.2016.05.012.Epub 2016-05-18.

柑橘類の木におけるクロステロウイルス、バッドナウイルス、マンダリウイルスと黄龍ビン菌の同時検出のためのマルチプレックスポリメラーゼ連鎖反応法の開発（英文

Development of multiplex polymerase chain reaction assay for simultaneous detection of clostero-, badna- and mandari-viruses along with huanglongbing bacterium in citrus trees.

Ram Prasnna Meena
V K Baranwal

PMID: 27208471 DOI: 10.1016/j.jviromet.2016.05.012.

抄録

柑橘類の木には、多数のウイルス性および細菌性病原体が生息しています。シトラス黄色静脈クリアリングウイルス（CYVCV）、インドシトラスリングスポットウイルス（ICRSV）、シトラス黄色モザイクウイルス（CYMV）、シトラストリステザウイルス（CTV）、および細菌であるカンジダトゥス・リベリバクター・アシアタス（CLa）は、インドの様々な地域のシトラス果樹園で最も流行している病原体であり、シトラス栽培を衰弱させる原因となっています。これらのウイルス性および細菌性病原体を検出するためには、迅速かつ高感度で費用対効果の高い検出方法が必要です。この目的のために、柑橘類の4つのウイルスと1つの細菌を同時に検出するためのマルチプレックスポリメラーゼ連鎖反応（mPCR）アッセイが開発されました。GenBankから検索した参照配列に基づいて、各ウイルスに対して複数のプライマーを設計しました。また、緑化細菌については、以前に公開されたプライマーペアを使用した。各プライマーのペアは、その感度と単信およびmPCRによる分化を評価した。定数増幅産物はmPCRで分子サイズに基づいて同定し、標準PCRと比較した。得られたアンプリコンをクローニングし、シークエンシング解析で結果を確認した。このmPCRアッセイは、1つ以上の柑橘類ウイルスおよび黄龍ビン菌の自然感染圃場サンプルを用いて検証した。ここで開発されたmPCRアッセイは、ウイルスを含まない栽培資材の生産や、柑橘類の芽材プログラムの認証のための迅速な索引付けに役立つだろう。

Citrus trees harbor a large number of viral and bacterial pathogens. Citrus yellow vein clearing virus (CYVCV), Indian citrus ringspot virus (ICRSV), Citrus yellow mosaic virus (CYMV), Citrus tristeza virus (CTV) and a bacterium, Candidatus Liberibacter asiaticus (CLa) associated with huanglongbing (HLB) disease, the most prevalent pathogens in citrus orchards of different regions in India and are responsible for debilitating citriculture. For detection of these viral and bacterial pathogens a quick, sensitive and cost effective detection method is required. With this objective a multiplex polymerase chain reaction (mPCR) assay was developed for simultaneous detection of four viruses and a bacterium in citrus. Several sets of primers were designed for each virus based on the retrieved reference sequences from the GenBank. A primer pair published previously was used for greening bacterium. Each pair of primers was evaluated for their sensitivity and differentiation by simplex and mPCR. The constant amplified products were identified on the basis of molecular size in mPCR and were compared with standard PCR. The amplicons were cloned and results were confirmed with sequencing analysis. The mPCR assay was validated using naturally infected field samples for one or more citrus viruses and the huanglongbing bacterium. The mPCR assay developed here will aid in the production of virus free planting materials and rapid indexing for certification of citrus budwood programme.