ヒトグリシルtRNA合成酵素アンチコドン結合ドメインとIRES Iフラグメントとの複合体のモデル

[Model of the Complex of the Human Glycyl-tRNA Synthetase Anticodon-Binding Domain with IRES I Fragment].

• O S Nikonov
• M S Nemchinova
• V G Klyashtornii
• E Yu Nikonova
• M B Garber

抄録

ヒトグリシルtRNA合成酵素（GARS）とエンテロウイルスIRESの相互作用を詳細に解析するには、現在入手可能な構造情報が不足しています。このような情報は、ウイルスのmRNA翻訳の際に、このIRESトランスアクティングファクター（ITAF）がどのように機能するのかを理解するために必要であり、直接作用型抗ウイルス剤の開発には欠かせないものである。本論文では、カジシウイルスAのIRESフラグメントとヒトGARSのアンチコドン結合ドメインとの複合体の理論モデルを、分子動力学シミュレーションを用いて、利用可能なすべての構造および生化学的データに基づいて構築した。提案されたモデルは、これまでに得られた生化学的データの構造解釈を可能にした。

The currently available structural information is insufficient for a detailed analysis of interactions between human glycyl-tRNA synthetase (GARS) and enterovirus IRESs. At the same time, this information is required in order to understand how this IRES trans-acting factor (ITAF) functions during viral mRNA translation, which is in turn crucial for the development of direct-action antiviral agents. In this paper, a theoretical model of the complex between a cadicivirus A IRES fragment and the anticodon-binding domain of human GARS is constructed using molecular dynamics simulation based on all of the available structural and biochemical data. The proposed model enables the structural interpretation of the previously obtained biochemical data.