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発泡性ウイルスの全ゲノムの分子解析により、劣等種との古代的な共進化が明らかになった
Molecular Analysis of the Complete Genome of a Simian Foamy Virus Infecting (pileated gibbon) Reveals Ancient Co-Evolution with Lesser Apes.
PMID: 31277268 PMCID: PMC6669568. DOI: 10.3390/v11070605.
抄録
発泡性ウイルス（FV）は、ヒト以外の霊長類を含む多くの哺乳類に存在する複雑なレトロウイルスであり、それらはシミアン・フォアミー・ウイルス（SFV）と呼ばれている。SFVはヒトに人獣共通感染する可能性があるが、SFVの完全なゲノムはほとんど存在しないため、診断法の設計が困難である。ギボンズは東南アジアに広く分布する劣等類人猿であり、SFVに感染する可能性があるが、現在のところ2つの部分的なSFVの配列のみが利用可能である。我々は、メタゲノミクス手法を用いて、劣等類人猿のギボン（ ）の血液標本の細胞培養から抽出した核酸の次世代シークエンシングを行い、SFVhpi_SAM106の完全なゲノムを取得した。ベイズ分析を用いて系統関係と発散時期を共推論した。その結果、SFVhpi_SAM106は他の類人猿SFVの祖先であり、発散時期は約2060万年前であり、宿主とSFVhpi_SAM106の古代の共進化を反映していることがわかった。SFVhpi_SAM106の全ゲノムを解析した結果、SFVhpiは他のSFVと同じ遺伝的構造を持っているが、長い末端リピート領域（2,071bp）があるため、記録された中で最も長いゲノム（13,885-nt）を持っていることがわかった。SFVhpi_SAM106ゲノムの完全な配列は、SFV遺伝学における重要な知識のギャップを埋めるものであり、FVの感染、伝播、進化の歴史に関する将来の研究を促進するものである。
Foamy viruses (FVs) are complex retroviruses present in many mammals, including nonhuman primates, where they are called simian foamy viruses (SFVs). SFVs can zoonotically infect humans, but very few complete SFV genomes are available, hampering the design of diagnostic assays. Gibbons are lesser apes widespread across Southeast Asia that can be infected with SFV, but only two partial SFV sequences are currently available. We used a metagenomics approach with next-generation sequencing of nucleic acid extracted from the cell culture of a blood specimen from a lesser ape, the pileated gibbon (), to obtain the complete SFVhpi_SAM106 genome. We used Bayesian analysis to co-infer phylogenetic relationships and divergence dates. SFVhpi_SAM106 is ancestral to other ape SFVs with a divergence date of ~20.6 million years ago, reflecting ancient co-evolution of the host and SFVhpi_SAM106. Analysis of the complete SFVhpi_SAM106 genome shows that it has the same genetic architecture as other SFVs but has the longest recorded genome (13,885-nt) due to a longer long terminal repeat region (2,071 bp). The complete sequence of the SFVhpi_SAM106 genome fills an important knowledge gap in SFV genetics and will facilitate future studies of FV infection, transmission, and evolutionary history.