Halobacterium salinarum型株のゲノム配列は実験室株NRC-1およびR1のそれと密接に関連している

The Genome Sequence of the Halobacterium salinarum Type Strain Is Closely Related to That of Laboratory Strains NRC-1 and R1.

• Friedhelm Pfeiffer
• Anita Marchfelder
• Bianca Habermann
• Mike L Dyall-Smith

抄録

型株（91-R6）のハイカバレッジロングリードシークエンシングにより、2.17MBの染色体と2つの大型プラスミド（148kbと102kb）が検出された。集団の不均一性とロングリピートが観察された。91-R6株と実験室のR1株は、共通の染色体領域で99.63％の配列同一性を示したが、株特異的なセグメントは38個のみであった。この情報により、これまで不明であった型と実験株との関係が解消された。

High-coverage long-read sequencing of the type strain (91-R6) revealed a 2.17-Mb chromosome and two large plasmids (148 and 102 kb). Population heterogeneity and long repeats were observed. Strain 91-R6 and laboratory strain R1 showed 99.63% sequence identity in common chromosomal regions and only 38 strain-specific segments. This information resolves the previously uncertain relationship between type and laboratory strains.

Copyright © 2019 Pfeiffer et al.