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ドライアイの有無による眼表面微生物の比較描写
Comparative portrayal of ocular surface microbe with and without dry eye.
PMID: 31463790 DOI: 10.1007/s12275-019-9127-2.
抄録
結膜スワブ試料を用いて、OS菌群集の構成を調べるために、結膜スワブ試料を用いてrRNA遺伝子のハイスループットシーケンシングを行い、DE(n=35)とNDE(n=54)のOS菌群集の構成を調べ、DE被験者のMGD(n=25)とNMGD(n=10)の構成を比較検討した。DE(n=35)とNDE(n=54)のOS 16S rDNAのディープシーケンシングにより、OS細菌叢のαとβの多様性に大きな差があることが明らかになった(P < 0.05)。また、バイオインフォマティクス解析では、両群間で類似した菌体構造を系統レベルと属レベルで示し、LEfSe（線形判別分析の効果量）解析では、DE群ではBacteroidiaとBacteroidetesが、NDE群ではPseudomonasが豊富であった（線形判別分析[LDA] > 4.0）。DE群のうち、MGD群とNMGD群ではαとβの多様性に有意差はなかった（P > 0.05）。驚くべきことに、MGDではBacilliが優勢であり、NMGDではBacteroidetesが優勢であった(LDA > 4.0)。DEとNDEではOS菌組成の多様性が異なり、OS菌の多様性が変化していることがDEで重要な役割を果たしている可能性がある。さらに、DEにおけるOS菌の優位性が低いことは、DEの発生・発症と関連している可能性がある。α・β解析では有意差はなかったが、DEのうちMGDとNMGDの間ではOS優性微生物が異なっていた。
rRNA gene high-throughput sequencing was performed in the conjunctival swab samples to investigate the composition of the OS bacterial community in DE (n=35) and NDE (n=54) and compared the composition of MGD (n=25) and NMGD (n=10) among DE subjects. Deep sequencing of OS 16S rDNA from DE (n=35) and NDE (n=54) demonstrated great a difference in alpha and beta diversity between the OS bacterial flora (P < 0.05). The similar OS microbial structures were shown at the phylum and genus levels by bioinformatics analysis between them, and in LEfSe (linear discriminant analysis effect size) analysis, Bacteroidia and Bacteroidetes were enriched in DE, while Pseudomonas was plentiful in NDE (linear discriminant analysis [LDA] > 4.0). Among the DE group, there was no significant difference in α and β diversity between MGD and NMGD (P > 0.05). Surprisingly, Bacilli was the dominant microbe in MGD, and Bacteroidetes was the superior bacteria in NMGD among DE subjects (LDA > 4.0). Different diversity of OS bacteria composition between DE and NDE and the altered diversity of OS bacteria may play an important role in DE. Moreover, the lower dominance of OS bacteria in DE may be associated with the occurrence and development of DE. Although there was no significant difference in alpha and beta analysis, the OS dominant microbe between MGD and NMGD among DE was different.