16SリボソームRNAデータセットにおける細菌群集の組成と構造を決定するためにMothurを使用しています

Using Mothur to Determine Bacterial Community Composition and Structure in 16S Ribosomal RNA Datasets.

• Sruthi Chappidi
• Erika C Villa
• Brandi L Cantarel

抄録

16SリボソームRNA（rRNA）遺伝子は、原核生物のリボソームの足場分子の一つである。この遺伝子は進化が遅く、非常によく保存された領域を持っているため、この遺伝子は原核生物の系統を再構築するために使用されています。ユニバーサルプライマーは、細菌や古細菌を含む原核生物の遺伝子を増幅するために使用することができます。ハイスループットショートリードシークエンシング技術を用いて微生物群集の微生物組成を決定するために、この遺伝子の9つの可変領域のうち2つまたは3つにまたがるようにプライマーが設計されている。2009年に開発されたMothurは、細菌群集の組成や構造を研究するためのツール群である。このパッケージは開発者から自由に入手可能です（https://www.mothur.org）。このプロトコルでは、(1)エラーを除去するために配列の前処理を行い、(2)アルファとベータの多様性を決定するためにオペレーショナル分類単位（OTU）分析を行い、(3)OTUと環境サンプルの分類学的プロファイルを決定する方法を紹介します。 © 2019 The Authors.

The 16S ribosomal RNA (rRNA) gene is one of the scaffolding molecules of the prokaryotic ribosome. Because this gene is slow to evolve and has very well conserved regions, this gene is used to reconstruct phylogenies in prokaryotes. Universal primers can be used to amplify the gene in prokaryotes including bacteria and archaea. To determine the microbial composition in microbial communities using high-throughput short-read sequencing techniques, primers are designed to span two or three of the nine variable regions of the gene. Mothur, developed in 2009, is a suite of tools to study the composition and structure of bacterial communities. This package is freely available from the developers (https://www.mothur.org). This protocol will show how to (1) perform preprocessing of sequences to remove errors, (2) perform operational taxonomic unit (OTU) analysis to determine alpha and beta diversity, and (3) determine the taxonomic profile of OTUs and the environmental sample. © 2019 The Authors.

© 2019 The Authors.