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遺伝的疫学から、パキスタンでのポリオウイルス撲滅を困難にしている人口移動が再発する3つの慢性貯水池地域が明らかになりました
Genetic Epidemiology reveals three chronic reservoir areas with recurrent population mobility challenging poliovirus eradication in Pakistan.
PMID: 31665247 DOI: 10.1093/cid/ciz1037.
抄録
背景にあるもの:
パキスタンは、野生ポリオウイルス（WPV1）の常在国である3カ国のうちの1つであり、ポリオ髄膜炎の撲滅に向けて今なお努力を続けています。積極的な臨床・環境監視システムと綿密な実験室調査により、ポリオウイルスの感染パターンとゲノムの多様性に関する洞察が得られ、撲滅に向けた戦略的な作戦の決定に役立ちます。
BACKGROUND: Pakistan is among three countries endemic for wild poliovirus (WPV1) circulation, still struggling for eradication of poliomyelitis. Active clinical and environmental surveillance systems with meticulous laboratory investigations provide insights into poliovirus transmission patterns and genomic diversity to inform decisions for strategic operations required to achieve eradication.
方法:
我々は、2015年から2017年のパキスタンにおけるWPV1の疫学的状況を把握するために、疫学的およびウイルス学的データを分子レベルで解析した。AFP患者の便検体と、60の活動的な環境サイトから採取した下水検体を用いた。ウイルス培養、実時間PCRによる intratypic differentiation、WPV1株間の遺伝的関連性を決定するためのポリオウイルスゲノムのVP1領域の核酸シークエンシングを適用した。系統解析はBEAST v2.3.0 [1] を用いて行った。
METHODS: We analyzed epidemiological and virological data at molecular level to comprehend the current epidemiological status of WPV1 in Pakistan during 2015-2017. Stool specimens of AFP patients and sewage samples collected from 60 active environmental sites. Viral culturing, intratypic differentiation by real time-PCR and nucleic acid sequencing of VP1 region of poliovirus genome to determine the genetic relatedness among WPV1 strains were applied. The phylogenetic analysis were done using BEAST v2.3.0 [1] .
結果:
ポリオウイルス分離株は、VP1コーディング領域で95％以上のヌクレオチド相同性を持つ11の異なるクラスタにグループ化された。ポリオウイルスのほとんどの負担は、カラチ、ペシャワール、クエッタブロックという3つの主要なリザーバー（2015年64.2％、2016年75.4％、2017年76.7％）で共有されていました。
RESULTS: Poliovirus isolates were grouped into eleven distinct clusters which had ≥95% nucleotide homology in VP1 coding region. Most burden of poliovirus was shared by three major reservoirs i.e. Karachi, Peshawar and Quetta block (64.2% in 2015; 75.4% in 2016 and 76.7% in 2017).
結論:
環境監視では、ポリオウイルスの感染を封じ込めるために、そのような地域で集中的な目標を定めたモップアップキャンペーンを行う必要があることが明らかになっています。孤児分離株の数が減少しているのは、パキスタンで行われているAFPサーベイランスとESサーベイランスの効果的な組み合わせを反映しています。遺伝学的データは、貯留地域内での持続的な感染を反映していますが、免疫力の高い地域への定期的な輸入によってさらに感染が拡大し、輸入されたウイルスの即時停止が反映されていることを示しています。しかし、アフガニスタンを含むパキスタン全土がポリオのない状態にならない限り、パキスタンは危険にさらされていることが示唆されています。世界的な認証には、質の高いサーベイランスによる予防接種率の向上が不可欠である。
CONCLUSIONS: Environmental surveillance reveals importations and pockets of unimmunized children which dictate intensive target mop-up campaigns in such areas to contain poliovirus transmission. Decrease in number of orphan isolates reflects effective combination of AFP and ES surveillance working in Pakistan. The genetic data reflects sustained transmission within reservoir areas, further expanded by periodic importations to areas of high immunity reflected by immediate termination of imported viruses. However, it is suggestive that Pakistan is at-risk unless the entire country including Afghanistan attain a polio-free status. Improved immunization coverage with high quality surveillance is vital for global certification.
© The Author(s) 2019. Published by Oxford University Press for the Infectious Diseases Society of America. All rights reserved. For permissions, e-mail: journals.permissions@oup.com.