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エクソソーム複合体の原核生物の対応部分のインビトロ特性評価
In Vitro Characterization of the Prokaryotic Counterparts of the Exosome Complex.
PMID: 31768971 DOI: 10.1007/978-1-4939-9822-7_3.
抄録
真核生物の RNA エクソソームによって示される酵素活性の同じ基本的なセットは、原核生物にも見られます。バクテリアには 2 つの優勢で明確な 3'→5' エキソリボヌクレアーゼ活性があります：1 つは、RNase II と RNase R に由来する過程的な加水分解、もう 1 つは、PNPase に由来する過程的なリン酸化分解です。本章では、（１）これら３つのタンパク質の過剰発現および精製、（２）それらのin vitro生化学的および酵素的特性評価（RNA結合を含む）のための方法について述べる。また、特異的なRNA基質の標識と調製についても記載しています。
The same basic set of enzymatic activities exhibited by the eukaryotic RNA exosome are also found in prokaryotes. Bacteria have two predominant and distinct 3'→5' exoribonuclease activities: one is characterized by processive hydrolysis, derived from RNase II and RNase R, and the other by processive phosphorolysis, derived from PNPase. In this chapter we describe methods for (1) the overexpression and purification of these three proteins; and (2) their in vitro biochemical and enzymatic characterization-including RNA binding. The labeling and preparation of a set of specific RNA substrates is also described.