ヒトAPAF1遺伝子のSNP解析へのインシリコ・アプローチ

In silico approach to the analysis of SNPs in the human APAF1 gene.

• Tuğba Kaman
• Ömer Faruk Karasakal
• Ebru Özkan Oktay
• Korkut Ulucan
• Muhsin Konuk

抄録

アポトーシスプロテアーゼ活性化因子1（）遺伝子は、アポトーシスを開始する細胞質タンパク質をコードし、ミトコンドリア依存性死の経路に重要な因子である。本研究の目的は、in silico解析により、この遺伝子に存在する欠失・損傷SNPを予測することである。そのために、NCBI dbSNPデータベースからミスセンスSNPを取得し、公開されているオンラインソフトウェアツールを用いてインシリコ解析を行った。また、変異タンパク質の安定化および三次元モデル化は、それぞれI-Mutant 2.0およびProject HOPEウェブサーバーを用いて決定した。NCBI dbSNPデータベースから、合計772個のミスセンスSNPがこの遺伝子から発見され、そのうち18個のSNPが欠失または損傷を示すことが示された。そのうち、13個のSNPはタンパク質の安定性に減少的な影響を与え、他の5個のSNPは増加的な影響を与えていた。モデル化の結果、変異型アミノ酸と野生型アミノ酸とのサイズ、電荷、疎水性などの相違点が明らかになった。本研究で予測された欠失型SNPは、疾患関連研究のジェノタイピング対象SNPの選択に利用される可能性がある。このように、本研究は今後の実験的研究への道を開く可能性を示唆するものである。

The apoptotic protease activating factor 1 () gene encodes a cytoplasmic protein that initiates apoptosis and is a crucial factor in the mitochondria-dependent death pathway. is implicated in many pathways such as apoptosis, neurodegenerative diseases, and cancer. The purpose of this study was to predict deleterious/damaging SNPs in the gene viain silicoanalysis. To this end, missense SNPs were obtained from the NCBI dbSNP database In silico analysis of the missense SNPs was carried out by using publicly available online software tools. The stabilization and three-dimensional modeling of mutant proteins were also determined by using the I-Mutant 2.0 and Project HOPE webservers, respectively. In total, 772 missense SNPs were found in the gene from the NCBI dbSNP database, 18 SNPs of which were demonstrated to be deleterious or damaging. Of those, 13 SNPs had a decreasing effect on protein stability, while the other 5 SNPs had an increasing effect. Based on the modeling results, some dissimilarities of mutant type amino acids from wild-type amino acids such as size, charge, and hydrophobicity were revealed. The SNPs predicted to be deleterious in this study might be used in the selection of target SNPs for genotyping in disease association studies. Therefore, we could suggest that the present study could pave the way for future experimental studies.

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