日本語AIでPubMedを検索
RADICL-seqは、ゲノムワイドなRNA-クロマチン相互作用の一般的な原理と細胞型特異的な原理を同定する
RADICL-seq identifies general and cell type-specific principles of genome-wide RNA-chromatin interactions.
PMID: 32094342 PMCID: PMC7039879. DOI: 10.1038/s41467-020-14337-6.
抄録
哺乳類のゲノムは、何万ものノンコーディングRNAをコードしている。ほとんどのノンコーディング転写産物は核内局在を示し、いくつかの転写産物は遺伝子発現やクロマチンリモデリングの制御に関与していることが明らかにされている。このようなノンコーディングRNAの機能を調べるために、複数の転写産物のゲノム相互作用部位を大規模にマッピングする方法が開発されてきたが、これらの方法にはいくつかの限界がある。ここでは、無傷核内のRNA-クロマチン相互作用をゲノム全体にマッピングする技術であるRNA And DNA Interacting Complexes Ligated and sequenced (RADICL-seq)を紹介する。RADICL-seqは近接ライゲーションベースの手法であり、既存の手法と比較してゲノムカバレッジとユニークなマッピング率の効率を高めながら、初期転写に対するバイアスを低減します。RADICL-seqは、異なるクラスの転写産物のゲノム占有パターンや細胞タイプに特異的なRNA-クロマチン相互作用を同定し、クロマチン構造の確立における転写の役割を明らかにします。
Mammalian genomes encode tens of thousands of noncoding RNAs. Most noncoding transcripts exhibit nuclear localization and several have been shown to play a role in the regulation of gene expression and chromatin remodeling. To investigate the function of such RNAs, methods to massively map the genomic interacting sites of multiple transcripts have been developed; however, these methods have some limitations. Here, we introduce RNA And DNA Interacting Complexes Ligated and sequenced (RADICL-seq), a technology that maps genome-wide RNA-chromatin interactions in intact nuclei. RADICL-seq is a proximity ligation-based methodology that reduces the bias for nascent transcription, while increasing genomic coverage and unique mapping rate efficiency compared with existing methods. RADICL-seq identifies distinct patterns of genome occupancy for different classes of transcripts as well as cell type-specific RNA-chromatin interactions, and highlights the role of transcription in the establishment of chromatin structure.