タンデム転写物の切断による高収率・高純度のRNAのワンポット生産

One-Pot Production of RNA in High Yield and Purity Through Cleaving Tandem Transcripts.

• Hannes Feyrer
• Raluca Munteanu
• Lorenzo Baronti
• Katja Petzold

抄録

製薬や研究において、短いRNA分子を効率的かつ堅牢に生産することが求められています。標準的な方法は、T7 RNAポリメラーゼによる転写である。この方法は、効率に配列に依存し、〜１２ヌクレオチドより長い生成物に限定される。さらに、高い収率を達成するためには、ネイティブの開始配列が必要であり、配列のばらつきに負担をかけています。この配列からの逸脱は副生成物につながる可能性があり、精製に手間がかかり、収率がさらに低下します。ここでは、目的のRNA配列のタンデムリピートを転写した後、部位特異的に切断することで、高純度で収率の高いRNAを得る方法を提案している。このアプローチは、プラスミドDNAテンプレートと転写物のRNase H指向の切断を利用しています。この方法は、ワンポット合成として実行することができ、同時にRNAのより高い収率を提供するため、以前のプロトコルよりもシンプルで高速です。

There is an increasing demand for efficient and robust production of short RNA molecules in both pharmaceutics and research. A standard method is transcription by T7 RNA polymerase. This method is sequence-dependent on efficiency and is limited to products longer than ~12 nucleotides. Additionally, the native initiation sequence is required to achieve high yields, putting a strain on sequence variability. Deviations from this sequence can lead to side products, requiring laborious purification, further decreasing yield. We here present transcribing tandem repeats of the target RNA sequence followed by site-specific cleavage to obtain RNA in high purity and yield. This approach makes use of a plasmid DNA template and RNase H-directed cleavage of the transcript. The method is simpler and faster than previous protocols, as it can be performed as one pot synthesis and provides at the same time higher yields of RNA.