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チュニジア産の柑橘類で確認された新種のジェノモウイルス2種を代表するウイルス
Viruses representing two new genomovirus species identified in citrus from Tunisia.
PMID: 32146505 DOI: 10.1007/s00705-020-04569-8.
抄録
チュニジアで採取されたスイートオレンジ（シトラスシネンシス）植物に関連する4つのゲノモウイルス（ゲノモウイルス科）をハイスループットなシークエンシング手法を用いて同定した。これらのゲノモウイルスのssDNAゲノムは、2156から2191ntの範囲であった。これらのうち3つのウイルスは、99%以上のフルゲノムペアウィスキー配列同一性を共有しており、柑橘類チュニジアジェノモウイルス1（CTNGmV-1）と呼ばれています。CTNGmV-1分離株は、他のジェノモウイルスとゲノムワイドペアウィゼヌクレオチド配列同一性を62％以下共有しており、ジェミコロウイルス属に属している。CTNGmV-2と呼ばれた4番目のウイルスのゲノムは、他のジェノモウイルスと<68%のヌクレオチド配列同一性を共有し、ジェミコロウイルス属に属していた。ジェノモウイルス科の種分化基準によれば，CTNGmV-1と-2はそれぞれ新種となる．これらのウイルスはシトラス属の植物に生息しているが，真菌や植物に関連する他の生物に感染している可能性がある。
Using a high-throughput sequencing approach, we identified four genomoviruses (family Genomoviridae) associated with a sweet orange (Citrus sinensis) plant collected in Tunisia. The ssDNA genomes of these genomoviruses, which were amplified, cloned and Sanger sequenced, range in size from 2156 to 2191 nt. Three of these viruses share > 99% full-genome pairwise sequence identity and are referred to as citrus Tunisia genomovirus 1 (CTNGmV-1). The CTNGmV-1 isolates share < 62% genome-wide pairwise nucleotide sequence identity with other genomoviruses and belong to the genus Gemykolovirus. The genome of the fourth virus, which was called CTNGmV-2, shares < 68% nucleotide sequence identity with other genomoviruses and belongs to the genus Gemycircularvirus. Based on the species demarcation criteria for members of the family Genomoviridae, CTNGmV-1 and -2 would each represent a new species. Although found associated with Citrus sp. plants, it is likely that these viruses infect fungi or other organisms associated with the plants.