2019年の新規コロナウイルスと他種のコロナウイルスの遺伝子進化解析

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Infect. Genet. Evol..2020 08;82:104285. S1567-1348(20)30116-7. doi: 10.1016/j.meegid.2020.104285.Epub 2020-03-10.

2019年の新規コロナウイルスと他種のコロナウイルスの遺伝子進化解析

Genetic evolution analysis of 2019 novel coronavirus and coronavirus from other species.

Chun Li
Yanling Yang
Linzhu Ren

PMID: 32169673 PMCID: PMC7270525. DOI: 10.1016/j.meegid.2020.104285.

抄録

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）によるコロナウイルス病2019（COVID-19）は、国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態である。しかし、これまでのところ、ウイルスの発生源や中間宿主については議論が続いています。ここで私たちは、この新規コロナウイルスが、Paguma larvata、Paradoxurus hermaphroditus、Civet、Aselliscus stoliczkanus、Rhinolophus sinicusの5つの野生動物由来のコロナウイルスと密接に関連しており、系統樹の同じ枝に存在していることを発見しました。しかし、ゲノムとORF1aの相同性から、この5匹に由来するコロナウイルスと同一のコロナウイルスではないことが示されたのに対し、このウイルスはコウモリコロナウイルス単離株RaTG13との相同性が最も高いことがわかった。

The Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is a Public Health Emergency of International Concern. However, so far, there are still controversies about the source of the virus and its intermediate host. Here, we found the novel coronavirus was closely related to coronaviruses derived from five wild animals, including Paguma larvata, Paradoxurus hermaphroditus, Civet, Aselliscus stoliczkanus and Rhinolophus sinicus, and was in the same branch of the phylogenetic tree. However, genome and ORF1a homology show that the virus is not the same coronavirus as the coronavirus derived from these five animals, whereas the virus has the highest homology with Bat coronavirus isolate RaTG13.