イエローリバーのサンプルから分離されたsp

sp. nov., isolated from a Yellow River sample.

• Ming-Ming Niu
• Hong Ming
• Li-Jiao Cheng
• Zhuo-Li Zhao
• Wei-Li Ji
• Meng Li
• Bing-Fang Yi
• Ting-Ting Xia
• Guo-Xing Nie

抄録

黄河の堆積物から新規放線菌CFH S0261株を分離した．この菌株の分類学的位置を多相的手法を用いて調べたところ，CFH S0261株はグラム反応陽性，好気性，非好中球性であった．CFH S0261株の細胞はグラム反応陽性、好気性、非増殖性であった。15-37℃、pH6.0-8.0、0-9.0"Zs_200A"% (w/v) NaClで増殖した。16S rRNA遺伝子の塩基配列から系統解析を行ったところ、CFH S0261株が属に属することが明らかになった。16S rRNA遺伝子配列の類似性から、CFH S0261株はLC11（98.95"Zs_200A"%）、LC2（98.81"Zs_200A"%）およびIMSNU 22139（98.73"Zs_200A"%）の型株に最も近縁であることが明らかになった。CFH S0261の全ゲノムのG+C含量は69.5mol%であった。CFH S0261と同属の他の種との間のANI値とDDH値は低いことがわかった（ANIb <90.61"Zs_200A"%とDDH <53.40"Zs_200A"%）。CFH S0261株のペプチドグリカン中の細胞壁ジアミノ酸は-ジアミノピメル酸であり、全細胞加水分解物はアラビノース、ガラクトース、グルコース、ラムノース、リボースから構成されていた。メナキノンはMK-9(H)が優勢であった。主要な細胞脂肪酸は、Ｃ、ｉｓｏ-Ｃおよびｉｓｏ-Ｃであった。極性脂質プロファイルは、ジホスファチジルグリセロール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルイノシトールマンノシド、および4つの未同定糖脂質を含んでいた。表現型，遺伝子型および系統のデータに基づいて，CFH S0261株は同属の新種であり，sp.nov.と命名された。型株はCFH S0261 (=KCTC 39515 =CCTCC AA 2014028)である。

A novel actinobacterium, designated strain CFH S0261, was isolated from a sediment sample of the Yellow River. The taxonomic position of the strain was investigated by using a polyphasic approach. Cells of strain CFH S0261 were Gram-reaction-positive, aerobic, non-motile. Growth occurs at 15-37 °C, pH 6.0-8.0 and with 0-9.0 % (w/v) NaCl. Phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene sequence revealed that strain CFH S0261 was a member of the genus . The 16S rRNA gene sequence similarity indicated that strain CFH S0261 is most closely related to the type strains of LC11 (98.95 %), LC2 (98.81 %) and IMSNU 22139 (98.73 %). The whole-genome of CFH S0261 showed a G+C content of 69.5 mol%. The ANI values and DDH values between CFH S0261 and the other species of the genus were found to be low (ANIb <90.61 % and DDH <53.40 %). The cell wall diamino acid in the peptidoglycan of strain CFH S0261 was -diaminopimelic acid and the whole-cell hydrolysate comprised arabinose, galactose, glucose, rhamnose and ribose. The predominant menaquinone was MK-9(H). The major cellular fatty acids were C, iso-C and iso-C. The polar lipid profile contained diphosphatidylglycerol, phosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, phosphatidylinositol, phosphatidylinositol mannosides and four unidentified glycolipids. On the basis of phenotypic, genotypic and phylogenetic data, strain CFH S0261 represents a novel species of the genus , for which the name sp. nov. is proposed. The type strain is CFH S0261 (=KCTC 39515 =CCTCC AA 2014028).