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ブラジル中央部の若い遺伝性色素性乾皮症クラスターへのイベリアの遺産
The Iberian legacy into a young genetic xeroderma pigmentosum cluster in central Brazil.
PMID: 32265042 DOI: 10.1016/j.mrgentox.2020.503164.
抄録
ブラジル中央部、ゴイアス州ファイナ市（Faina）の小さな孤立したアララス村には、色素性乾皮症（XP）患者の遺伝的集団が存在する。そのため、血縁関係が深く、地理的に隔離されていることから、XP患者の頻度が高くなっています。最近、このコミュニティに影響を及ぼす2つの創発事象が確認され、POLH遺伝子のc.764 + 1 G > A（イントロン6）とc.907 C > T; p.Arg303*（エクソン8）の2つの独立した変異が確認されました。これらの欠失性変異は、色素沈着性乾皮症バリアント症候群（XP-V）を引き起こす。これまでの報告では、北スペイン（バスク地方とカンタブリア地方）の6人の患者（4家族）のイントロン6突然変異と、ヨーロッパの異なる家族の2人の患者（うち1人はコソボ）のエクソン8突然変異が確認されている。アララスでのXP患者の祖先とこれらの変異の年齢を調べるために、ブラジル（16人）、スペイン（6人）、コソボ（1人）からのXP-V患者22人の遺伝子型情報を作成した。その結果、アララスのイントロン6突然変異はイベリアの遺伝的遺産と関連していることがわかりました。ゴイアス出身の患者はすべてイントロン6突然変異のホモ接合体であり、スペイン人患者とこの突然変異を構成するゲノムセグメントを共有していた。この村のイベリコ型ハプロタイプの入植時期は約200年前と計算された。この結果は、イベリア人がゴイアス州（BR）に到着した歴史と一致しています。ゴイアスからの患者とスペインからの3家族の患者は、1.8cM（14家）、1.7cM（15家）、そして13家の中の4.7cMというより有意なセグメントを共有している。一方、エクソン8突然変異を持つ患者は、特定の遺伝的セグメントを共有しておらず、彼らの間に古い遺伝的距離があるか、あるいは共通の祖先がいないことさえ示唆している。
In central Brazil, in the municipality of Faina (state of Goiás), the small and isolated village of Araras comprises a genetic cluster of xeroderma pigmentosum (XP) patients. The high level of consanguinity and the geographical isolation gave rise to a high frequency of XP patients. Recently, two founder events were identified affecting that community, with two independent mutations at the POLH gene, c.764 + 1 G > A (intron 6) and c.907 C > T; p.Arg303* (exon 8). These deleterious mutations lead to the xeroderma pigmentosum variant syndrome (XP-V). Previous reports identified both mutations in other countries: the intron 6 mutation in six patients (four families) from Northern Spain (Basque Country and Cantabria) and the exon 8 mutation in two patients from different families in Europe, one of them from Kosovo. In order to investigate the ancestry of the XP patients and the age for these mutations at Araras, we generated genotyping information for 22 XP-V patients from Brazil (16), Spain (6) and Kosovo (1). The local genomic ancestry and the shared haplotype segments among the patients showed that the intron 6 mutation at Araras is associated with an Iberian genetic legacy. All patients from Goiás, homozygotes for intron 6 mutation, share with the Spanish patients identical-by-descent (IBD) genomic segments comprising the mutation. The entrance date for the Iberian haplotype at the village was calculated to be approximately 200 years old. This result is in agreement with the historical arrival of Iberian individuals at the Goiás state (BR). Patients from Goiás and the three families from Spain share 1.8 cM (family 14), 1.7 cM (family 15), and a more significant segment of 4.7 cM within family 13. On the other hand, the patients carrying the exon 8 mutation do not share any specific genetic segment, indicating an old genetic distance between them or even no common ancestry.
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