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淡水湖から単離されたリン脂質
sp. nov., isolated from a freshwater lake.
PMID: 32267219 DOI: 10.1099/ijsem.0.004147.
抄録
台湾の淡水湖からCAR-16と命名された細菌株を分離し，多相分類法を用いて特徴を調べた．細胞はグラム染色陰性で好気性、滑空運動性、棒状でバラ色のコロニーを形成していた。最適な増殖は、30℃、pH7、0"Zs_200A"%NaClで行われた。16S rRNAの遺伝子配列と92個のタンパク質クラスターのコード化配列から系統解析を行ったところ、CAR-16は同属に属し、同属の系統を形成していることが明らかになった。CAR-16は59G-WUEMPELに99.7"Zs_200A"%の16S rRNA遺伝子配列類似度で最も近かった。CAR-16は他の属の菌株との平均塩基配列の同一性は71.2～79.5%であり，17.8～21.7%のデジタルDNA-DNAハイブリダイゼーションの同一性を示した。CAR-16株の主要脂肪酸はiso-C, iso-C 3-OH, Cω5, summed feature 3 (Cω/Cω6および/またはiso-C 2-OH)であった。極性脂質プロファイルは、ホスファチジルエタノールアミンといくつかの未同定のアミノリン脂質、リン脂質および脂質の混合物から構成されていた。主要なイソプレノイドキノンはMK-7であった。CAR-16のゲノムDNA G+C含量は38.8mol%であった。表現型および遺伝子型の特徴と系統的な推論から，CAR-16は同属の新種に分類されると考えられ，sp.型株はCAR-16 (=BCRC 81153=LMG 30923=KCTC 62869)である。
A bacterial strain designated CAR-16 was isolated from a freshwater lake in Taiwan and characterized using the polyphasic taxonomic approach. Cells were Gram-stain-negative, aerobic, motile by gliding, rod-shaped and formed rose-colored colonies. Optimal growth occurred at 30 °C, pH 7 and with 0 % NaCl. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences and coding sequences of 92 protein clusters indicated that CAR-16 represented a member of the family and formed a phylogenetic lineage in the genus . CAR-16 was most closely related to 59G-WUEMPEL with a 99.7 % 16S rRNA gene sequence similarity. CAR-16 showed 71.2-79.5 % average nucleotide identity and 17.8-21.7 % digital DNA-DNA hybridization identity with the strains of other species of the genus . The major fatty acids of strain CAR-16 were iso-C, iso-C 3-OH, Cω5 and summed feature 3 (Cω/Cω6 and/or iso-C 2-OH). The polar lipid profile consisted of a mixture of phosphatidylethanolamine and several uncharacterized aminophospholipids, phospholipids and lipids. The major isoprenoid quinone was MK-7. The genomic DNA G+C content of CAR-16 was 38.8 mol%. On the basis of phenotypic and genotypic properties and phylogenetic inference, CAR-16 should be classified as representing a novel species of the genus , for which the name sp. nov. is proposed. The type strain is CAR-16 (=BCRC 81153=LMG 30923=KCTC 62869).