チョリスタン砂漠の土壌から分離された放線菌である

sp. nov., an actinomycete isolated from soil of the Cholistan Desert, and emended description of the genus .

• Mohsin Tassawar Cheema
• Jing-Jing Ye
• Fei-Na Li
• Qin-Pei Lu
• Muhammad Abbas
• Imran Sajid
• Da-Lin Huang
• Shao-Wei Liu
• Cheng-Hang Sun

抄録

パキスタンのチョリスタン砂漠で採取した土壌試料からグラム染色陽性の好気性・非増殖性・非有胞子性の放線菌F435を分離した。この菌株の分類学的位置は、多相分類法を用いて決定した。菌体は、単一または対の配列で見られた。この新規株は、15〜37℃（最適、25〜30℃）、pH7〜11（最適、pH7〜8）、0〜8％（w/v）NaCl（最適、0"Zs_200A"％）の存在下で生育した。16S rRNA遺伝子配列に基づくブラスト解析の結果、MON 2.2は97.4"Zs_200A"%の類似度を示し、CPCC 204711（95.2"Zs_200A"%）に次いで近縁種であった。系統樹では，F435株はこの属に属する唯一の菌と強固なクラスターを形成していた。細胞壁に存在するペプチドグリカン異性体はll-ジアミノピメル酸であった。主な脂肪酸はアンテイソ-Cであった．本菌の特徴的な極性脂質はジホスファチジルグリセロール，ホスファチジルグリセロール，ホスホグリコール脂質およびグリコリパイドであった。メナキノンはMK-9(H)が優勢であった。ゲノムG+C含量は73.5mol%として計算した。また、F435株とMON 2.2株の間のデジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション(GGDC)値および平均ヌクレオチド同一性(ANI)値は、それぞれ24.6および81.8"Zs_200A"%であった。これらの表現型解析、化学運動学的解析、系統学的解析、系統学的解析の結果から、F435株は本属の新規種であると考えられ、sp.型はF435株(=JCM 33648=CGMCC 1.17443)である。また，本属の記述を修正した。

A Gram-stain-positive, aerobic, non-motile and non-spore-forming actinobacterium, designated as F435, was isolated from soil sample collected from the Cholistan Desert, Pakistan. The taxonomic position of the strain was established by using a polyphasic taxonomic approach. The cells were coccoid-shaped and found in single or arrangement of pairs. The novel strain grew at 15‒37 °C (optimum, 25‒30 °C), pH 7‒11 (optimum, pH 7-8) and in the presence of 0‒8% (w/v) NaCl (optimum, 0 %). Results of blast analysis based on 16S rRNA gene sequences showed that MON 2.2 was its closest relative with 97.4 % similarity followed by CPCC 204711 (95.2 %). In phylogenetic trees, strain F435 formed a robust cluster with the only member of the genus . The peptidoglycan isomer present in the cell wall was ll-diaminopimelic acid. The major fatty acid was determined to be anteiso-C. Characteristic polar lipids of the strain were diphosphatidylglycerol, phosphatidylglycerol, phosphoglycolipids and glycolipids. The predominant menaquinone was MK-9(H). The genomic G+C content was calculated as 73.5 mol%. The digital DNA-DNA hybridization (GGDC) and average nucleotide identity (ANI) values between strain F435 and MON 2.2 were 24.6 and 81.8 %, respectively. Based on the results of phenotypic, chemotaxonomic, phylogenetic and phylogenomic analyses, strain F435 represents a novel specie of the genus , for which the name sp. nov. is proposed. The type strain is F435 (=JCM 33648=CGMCC 1.17443). The description of the genus has also been emended.