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スバールバル諸島の有孔虫類堆積物DNA (DNA)配列のデータセット
Dataset of foraminiferal sedimentary DNA (DNA) sequences from Svalbard.
PMID: 32346576 PMCID: PMC7182674. DOI: 10.1016/j.dib.2020.105553.
抄録
環境DNA (DNA)は通常、土壌、水、氷などの環境試料から直接得られる遺伝物質として定義される。DNAのメタバーコーディングと組み合わせることで、DNAは生物多様性の評価において強力なツールとなります。eDNAによるアプローチの結果は、陸上・水生環境における生物多様性の過去と現在の研究に貴重な知見を与えてくれました。しかし、DNAの状態や運命についてはまだ研究されておらず、DNAの形態（細胞外と細胞内の違い）や、異なる環境条件下でのDNAの分解についての知見は限られています。ここでは、500μm以上、500-100μm、100-63μm、<63μmの異なるサイズの海洋堆積物から有孔虫類堆積物のDNAを分析することで、この問題に取り組んでいる。表層堆積物のサンプルは、スバールバル群島にある15のサンプリングステーションで採取した。有孔虫に特異的な37f領域の配列をIllumina技術を用いて作成した。今回発表されたデータは、時空を超えた生物モニタリングや生物多様性の評価など、DNAに基づく幅広い研究の参考資料として利用することができます。
Environmental DNA (DNA) is usually defined as genetic material obtained directly from environmental samples, such as soil, water, or ice. Coupled to DNA metabarcoding, DNA is a powerful tool in biodiversity assessments. Results from eDNA approach provided valuable insights to the studies of past and contemporary biodiversity in terrestrial and aquatic environments. However, the state and fate of DNA are still investigated and the knowledge about the form of DNA (i.e., extracellular vs. intracellular) or the DNA degradation under different environmental conditions is limited. Here, we tackle this issue by analyzing foraminiferal sedimentary DNA (DNA) from different size fractions of marine sediments: >500 µm, 500-100 µm, 100-63 µm, and < 63 µm. Surface sediment samples were collected at 15 sampling stations located in the Svalbard archipelago. Sequences of the foraminifera-specific 37f region were generated using Illumina technology. The presented data may be used as a reference for a wide range of DNA-based studies, including biomonitoring and biodiversity assessments across time and space.
© 2020 The Authors.