sp. nov.は、原発性皮膚結膜症患者から分離された新しい病原体である

sp. nov., a new pathogen isolated from a patient with primary cutaneous nocardiosis.

• Tao Zhou
• Xiao-Yun Wang
• Dan-Qi Deng
• Li-Hua Xu
• Xiao-Lan Li
• Yun Guo
• Wen-Hua Li
• Hong Xie
• Pei-Lian Zhang
• Xiao-Hong Zhou

抄録

原発性皮膚心筋症患者の頸部病変の組織生検から新しい心筋形態株CICC 11023を分離し，その分類学的位置を確立するために特徴付けを行った．CICC 11023株の形態学的，生化学的，生理学的および化学的分類学的特性は，CICC 11023属の分類と一致していた．全細胞加水分解物には，メソジアミノピメル酸，ガラクトース，アラビノース，フルクトースが豊富に含まれていた．ミコール酸が存在していた。主な極性脂質はジホスファチジルグリセロール、ホスファチジルエタノールアミン、未同定リン脂質1種、未同定脂質2種であり、主要なメナキノンはシクロMK-8（H4、ω-シクロ）であった。主な脂肪酸（>5"Zs_200A"%）は、C 10-メチル（TBSA）、C、総和特徴4（C trans 9/C iso 2OH）、CおよびC 10-メチルであった。16S rRNAの遺伝子配列をもとに系統解析を行ったところ、本菌は型株OFN 02.72、UI 122540、YIM 30243に最も近縁（98"Zs_200A"%以上の類似度）であり、遺伝子配列をもとに系統解析を行ったところ、NBRC 108936、IFM 0236、IFM 0803に類似（89.1-92.2"Zs_200A"%）していることがわかった。CICC 11023株のDNA-DNAハイブリダイゼーションの結果は、型株と比較して20.4～35.4"Zs_200A"%であった。CICC 11023株のゲノムは8.78Mbp、G+C含量は全体で67.4mol%であった。株CICC 11023とYIM 30243との間の平均ヌクレオチド同一性（ANI）値は低く（OrthoANIu=77.47"Zs_200A"%）、株CICC 11023とNBRC 108936との間のANI値は低く（OrthoANIu=83.75%）、その結果、株CICC 11023のゲノムは8.78Mbp、G+C含量は67.4mol%であった。その結果、CICC 11023株はこの多相性の研究に基づいた新種であり、sp.型株はCICC 11023 (=KCTC 39837)である。

A novel nocardioform strain, CICC 11023, was isolated from a tissue biopsy of neck lesions of a patient with primary cutaneous nocardiosis and characterized to establish its taxonomic position. The morphological, biochemical, physiological and chemotaxonomic properties of strain CICC 11023 were consistent with classification in the genus . Whole-cell hydrolysates were rich in meso-diaminopimelic acid, galactose, arabinose and fructose. Mycolic acids were present. The major polar lipids were diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, one unidentified phospholipid and two unidentified lipids, and the predominant menaquinone was cyclo MK-8 (H4, ω-cyclo). The main fatty acids (>5 %) were C 10-methyl (TBSA), C, summed feature 4 (C trans 9/C iso 2OH), C and C 10-methyl. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences revealed that the isolate is most closely related (>98 % similarity) to the type strains OFN 02.72, UI 122540 and YIM 30243, and phylogenetic analysis of gene sequences showed similarity (89.1-92.2 %) to NBRC 108936, IFM 0236 and IFM 0803. DNA-DNA hybridization results for strain CICC 11023 compared to type strains ranged from 20.4 to 35.4 %. The genome of strain CICC 11023 was 8.78 Mbp with a G+C content of 67.4 mol% overall. The average nucleotide identity (ANI) values between strain CICC 11023 and YIM 30243 were low (OrthoANIu=77.47 %), and the ANI values between strain CICC 11023 and NBRC 108936 were low (OrthoANIu=83.75 %). Consequently, strain CICC 11023 represents a novel species on the basis of this polyphasic study, for which the name sp. nov. is proposed. The type strain is CICC 11023 (=KCTC 39837).