日本語AIでPubMedを検索
灌漑用水から単離されたsp
sp. nov., isolated from irrigation water.
PMID: 32375956 DOI: 10.1099/ijsem.0.004191.
抄録
台湾の灌漑用水から分離された細菌TWA-58株を多相分類法で解析した。16S rRNAの遺伝子配列と92個のタンパク質クラスターのコード化配列から系統解析を行った結果，TWA-58株は，同属に属する系統を形成していることが明らかになった。Strain TWA-58はNVTに最も近縁であり、16S rRNA遺伝子の配列類似度は96.7"Zs_200A"%であった。菌株TWA-58はNVTとの平均ヌクレオチド同一性は75.2"Zs_200A"%で、平均アミノ酸同一性は70.9"Zs_200A"%で、デジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション同一性は21.0"Zs_200A"%でした。細胞はグラム染色陰性、好気性、運動性、コッコ状で、透明なコロニーを形成していました。最適な増殖は、25℃、pH 6、および0"Zs_200A"% NaClで起こった。TWA-58株の主要な脂肪酸はiso-Cおよびanteiso-Cであった。ヒドロキシ脂肪酸はiso-C 3-OHが優勢であった。極性脂質プロファイルは、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルグリセロール、ジホスファチジルグリセロール、および2つの未同定アミノリン脂質から構成されていた。主要なイソプレノイドキノンはMK-7であった。株TWA-58のゲノムDNA G+C含量は65.3mol%であった。表現型および遺伝子型の特徴と系統的な推論から，TWA-58株は新種に分類されるべきであり，sp.型はTWA-58株（=BCRC 81161=LMG 31019=KCTC 62872）である。
Bacterial strain TWA-58, isolated from irrigation water in Taiwan, was characterized using a polyphasic taxonomy approach. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences and coding sequences of 92 protein clusters indicated that strain TWA-58 formed a phylogenetic lineage in the genus of the family . Strain TWA-58 was most closely related to NVT with a 96.7 % 16S rRNA gene sequence similarity. Strain TWA-58 showed 75.2 % average nucleotide identity, 70.9 % average amino acid identity and 21.0 % digital DNA-DNA hybridization identity with NVT. Cells were Gram-stain-negative, aerobic, motile, coccoid-shaped and formed transparent colonies. Optimal growth occurred at 25 °C, pH 6, and 0 % NaCl. The major fatty acids of strain TWA-58 were iso-C and anteiso-C. The predominant hydroxy fatty acid was iso-C 3-OH. The polar lipid profile consisted of phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, diphosphatidylglycerol and two unidentified aminophospholipids. The major isoprenoid quinone was MK-7. Genomic DNA G+C content of strain TWA-58 was 65.3 mol%. On the basis of phenotypic and genotypic properties and phylogenetic inference, strain TWA-58 should be classified in a novel species of the genus , for which the name sp. nov. is proposed. The type strain is TWA-58 (=BCRC 81161=LMG 31019=KCTC 62872).