sp. nov.は、南シェットランド諸島キングジョージ島の南極の土壌から分離されたサイクロトレラント菌である

sp. nov., a psychrotolerant bacterium isolated from Antarctic soil of King George Island, South Shetland Islands.

• Maria S Pavlov
• Felipe Lira
• José Luis Martinez
• Jorge Olivares-Pacheco
• Sergio H Marshall

抄録

KG01株は南極大陸キングジョージ島の土壌サンプルから分離された。KG01の細胞は棒状で、複数の極性鞭毛によって運動性を示す。アルギニンジヒドロラーゼ活性を持たないことが、KG01を最も近い系統の近縁種と容易に区別するための重要な特徴であると考えられる。本菌株の主な脂肪酸は、特徴3（Cω7および/またはC iso 2-OH）、CおよびCω7を含む。16S rRNAの遺伝子配列に基づく系統解析と、ハウスキーピング遺伝子（16S rRNA）を用いた多座配列解析（MLSA）を行った。これらの解析により、LMG 17761との多焦点配列の類似度が最も高く（96.67"Zs_200A"%）、本菌をグループに含めることができた。KG01のゲノムを配列決定し，scensグループの中で最も近縁種のゲノムと比較した。その結果，系統的にKG01に最も近い種の平均ヌクレオチド同一性（ANIb）および平均アミノ酸同一性（AAI）は，現在細菌種に属する菌種として認められている基準値である95-96"Zs_200A"%未満であり，LMG 17761（87.98"Zs_200A"%）およびICMP 3553（91.90"Zs_200A"%）が最も高かった．以上のことから，表現型解析および遺伝子型解析の結果から，KG01はその名称が提案されている同属の新種に属する菌であり，KG01（=CECT 9084;=DSM 102036）が原型菌であることが示唆された。

The strain KG01 was isolated from a soil sample from King George Island, Antarctica. Cells of KG01 are rod-shaped and motile by means of multiple polar flagella. The absence of arginine dihydrolase activity could be a key feature to readily distinguish KG01 from its closest phylogenetic relative species. The main fatty acids of the strain include summed feature 3 (C ω7 and/or C iso 2-OH), C and C ω7. Phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene sequence and on a multilocus sequence analysis (MLSA) using housekeeping genes (16S rRNA) were carried out. These analyses allowed us to include the strain within the group, presenting the highest similarity of multilocus sequence with LMG 17761 (96.67 %). The genome of KG01 was sequenced and compared with genomes of the most closely related species of the scens group. The average nucleotide identity (ANIb) and average amino acid identity (AAI) values of the species phylogenetically closest to KG01 were less than 95-96 %, threshold currently accepted to define strain as belonging to a bacterial species, the highest scores being those to LMG 17761 (87.98 %) and ICMP 3553 (91.90 %). Therefore, the phenotypic and genotypic analyses results, allow us to propose that KG01 represents a member of a novel species of the genus , for which the name is proposed, and KG01 (=CECT 9084;=DSM 102036) is established as the type strain .