nom.novとしての属への移行を提案

Proposal for transfer of to the genus as nom. nov.

• Yang Liu
• Tao Pei
• Jun Zhang
• Fan Yang
• Honghui Zhu

抄録

本種の型株cai42の正確な位置を明らかにするために、多相分類学的研究を行ったPan .2015.16S rRNA遺伝子配列解析の結果、cai42からの2つの配列は、本種の型株SP32のそれと99.6および99.7"Zs_200A"%の類似性を共有し、系統樹においてコヒーレントなクラッドを形成していることが示された。cai42株とSP32株の全ゲノムを比較したところ、デジタルDNA-DNAハイブリダイゼーションの推定値は36.3"Zs_200A"%であり、平均ヌクレオチド同一性は88.8"Zs_200A"%であり、平均アミノ酸同一性は89.8"Zs_200A"%であり、この2つの株は同属の2つの属に属することが明らかになった。このことは、ゲノムを用いた系統解析の結果からも明らかであった。cai42株とSP32株は、生理学的および生化学的特性が類似していたが、移動性、生育温度範囲、極性脂質成分などの顕著な相違点があり、別種として区別することができた。そのため，比較表現型および遺伝子型解析の結果，cai42型（=CGMCC 1.12518=LMG 27406）を用いてnom.nov.として属に組み入れられることが示唆された。

A polyphasic taxonomic study was undertaken to clarify the exact position of the type strain cai42 of the species Pan . 2015. The results of the 16S rRNA gene sequence analysis indicated that the two sequences from cai42 shared 99.6 and 99.7 % similarity to that of the type strain SP32 of the species and formed a coherent clade in the phylogenetic tree. Whole genomic comparison between cai42 and SP32 yielded a digital DNA-DNA hybridization estimate of 36.3 %, an average nucleotide identity of 88.8 % and an average amino acid identity of 89.8 %, clearly indicating that the two strains should belong to two genospecies of the same genus. The close relationship between the two strains was underpinned by the results of genome-based phylogenetic analysis. Although cai42 and SP32 shared similar physiological and biochemical properties, some striking differences, such as mobility, the temperature range for growth and the polar lipid components, could distinguish them as separate species. Therefore, the comparative phenotypic and genotypic analyses supported the incorporation of into the genus as nom. nov. with the type strain cai42 (=CGMCC 1.12518=LMG 27406).