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マラヤパンゴリンからSARS-CoV-2関連コロナウイルスを単離した
Isolation of SARS-CoV-2-related coronavirus from Malayan pangolins.
PMID: 32380510 DOI: 10.1038/s41586-020-2313-x.
抄録
現在のコロナウイルス感染症2019（COVID-19）のアウトブレイクは、世界の健康に前例のない課題をもたらしている。このアウトブレイクの原因となっている新しいコロナウイルス-重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）-は、SARS-CoVおよびコウモリコロナウイルスRaTG13と高い配列同一性を有している。コウモリは様々なコロナウイルスのリザーバー宿主である可能性があるが、SARS-CoV-2が他の宿主種を持っているかどうかは不明である。ここでは、マラヤオオコウモリから分離されたコロナウイルス（pangolin-CoVと命名）が、SARS-CoV-2とそれぞれE, M, N, N, Sproteinのアミノ酸同一性が100%, 98.6%, 97.8%, 90.7%であることを明らかにした。特に、パンゴリン-CoVのSproteinの受容体結合ドメインはSARS-CoV-2とほぼ同一であり、1つの非臨界アミノ酸の違いがあるだけであった。我々の比較ゲノム解析の結果、SARS-CoV-2は、pangolin-CoVに類似したウイルスとRaTG13に類似したウイルスの組換えによって発生した可能性が示唆された。解析した25頭のマラヤ産パンゴリンのうち17頭からパンゴリン-CoVが検出された。感染したパンゴリンは臨床徴候と組織学的変化を示し、パンゴリン-CoVに対する循環抗体はSARS-CoV-2のスプロテインと反応した。パンゴリンからSARS-CoV-2と密接に関連したコロナウイルスが分離されたことから、パンゴリンはSARS-CoV-2の中間宿主として機能する可能性があることが示唆された。野生動物の違法取引で最も多く取引されている哺乳類であるパンゴリンから新たに同定されたこのコロナウイルスは、野生動物の取引を効果的に管理しなければ、将来的に公衆衛生への脅威となる可能性がある。
The current outbreak of coronavirus disease-2019 (COVID-19) poses unprecedented challenges to global health. The new coronavirus responsible for this outbreak-severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)-shares high sequence identity to SARS-CoV and a bat coronavirus, RaTG13. Although bats may be the reservoir host for a variety of coronaviruses, it remains unknown whether SARS-CoV-2 has additional host species. Here we show that a coronavirus, which we name pangolin-CoV, isolated from a Malayan pangolin has 100%, 98.6%, 97.8% and 90.7% amino acid identity with SARS-CoV-2 in the E, M, N and S proteins, respectively. In particular, the receptor-binding domain of the S protein of pangolin-CoV is almost identical to that of SARS-CoV-2, with one difference in a noncritical amino acid. Our comparative genomic analysis suggests that SARS-CoV-2 may have originated in the recombination of a virus similar to pangolin-CoV with one similar to RaTG13. Pangolin-CoV was detected in 17 out of the 25 Malayan pangolins that we analysed. Infected pangolins showed clinical signs and histological changes, and circulating antibodies against pangolin-CoV reacted with the S protein of SARS-CoV-2. The isolation of a coronavirus from pangolins that is closely related to SARS-CoV-2 suggests that these animals have the potential to act as an intermediate host of SARS-CoV-2. This newly identified coronavirus from pangolins-the most-trafficked mammal in the illegal wildlife trade-could represent a future threat to public health if wildlife trade is not effectively controlled.