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Trypanosoma cruziスプライスソーム複合体のプロテオーム解析
Proteomic analysis of Trypanosoma cruzi spliceosome complex.
PMID: 32422275 DOI: 10.1016/j.jprot.2020.103822.
抄録
キネトプラスティダに属する単細胞原生生物には、無脊椎動物や脊椎動物の病原体であるリーシュマニア属やトリパノソーマ属が含まれる。これらの原生生物は、医学的にも経済的にも重要な存在であるにもかかわらず、遺伝子発現制御の分子特性など、生物学的に重要な側面が解明され始めたばかりです。また、遺伝子の発現制御は、トランススプライシングなどの転写後処理にも依存しています。トリパノソーマでは広く利用されているが、他の真核生物ではトランススプライシングは稀な現象である。本研究では、シャーガス病の病原体であるT. cruziのエピマスティゴートにおけるスプライソームのタンパク質組成を明らかにすることを目的とした。我々は、2種類のTAPタグ付きタンパク質を用いてスプライスソームをアフィニティー精製し、その組成を質量分析法で解析した。その結果、115種類のタンパク質の中から、Sm、LSm、RNAヘリカーゼ、U2-およびU5-snRNP特異的なタンパク質など、保存されているスプライスソーム構成要素が検出された。また、ヒトおよび T. brucei のスプライスソーム複合体のプロテオミクスデータと比較したところ、すべてのスプライスソームに共通するタンパク質のコアグループが確認されました。アミノ酸配列比較により、T. cruziのスプライシング制御に関与している可能性のあるRNA関連タンパク質、すなわちWDR33のオルソログ、PABPCL1、3種類の異なるHNRNPを同定した。データは、識別子PXD018776でProteomeXchange経由で入手可能である。
The unicellular protists of the group Kinetoplastida include the genera Leishmania and Trypanosoma, which are pathogens of invertebrate and vertebrate animals. Despite their medical and economical importance, critical aspects of their biology such as specific molecular characteristics of gene expression regulation are just beginning to be deciphered. Gene expression regulation also depends on post-transcriptional processing steps, such as the trans-splicing process. Despite being widely used in trypanosomes, trans-splicing is a rare event in other eukaryotes. We sought to describe the protein composition of spliceosomes in epimastigotes of T. cruzi, the etiological agent of Chagas disease. We used two TAP-tagged proteins to affinity purify spliceosomes and analyzed their composition by mass spectrometry. Among the 115 identified proteins we detected conserved spliceosome components, as Sm and LSm proteins, RNA helicases, U2- and U5-snRNP specific proteins. Importantly, by comparing our data with proteomic data of human and T. brucei spliceosome complexes, we observed a core group of proteins common to all spliceosomes. By using amino acid sequence comparisons, we identified RNA-associated proteins that might be involved with splicing regulation in T. cruzi, namely the orthologous of WDR33, PABPCL1 and three different HNRNPs. Data are available via ProteomeXchange with identifier PXD018776.
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