一次および二次配列構造解析によるウシ由来の古典的な豚熱ウイルス株のゲノム特性

Genomic characteristics of classical swine fever virus strains of bovine origin according to primary and secondary sequence-structure analysis.

• Massimo Giangaspero
• Shu-Qin Zhang

抄録

背景:

古典的な豚熱ウイルス（CSFV）は、家族の種のメンバーであり、一般的に国内および野生の雌豚に限定されていると考えられています。CFSV の循環は、中国とインドの牛群で検出されています。自然感染が臨床症状と関連している例もある．

Background: Classical swine fever virus (CSFV), species member of the family , is generally considered restricted to domestic and wild suids. The circulation of CFSV has been detected in cattle herds in China and India. Natural infection appeared associated with clinical signs in some cases.

狙い目:

ウシ株のゲノム解析には、5'未翻訳領域（UTR）の内部リボソームエントリーサイトの二次構造を用いた。

Aim: The secondary structures of the internal ribosome entry site in the 5' untranslated region (UTR) were used for the genomic characterization of bovine strains.

方法:

豚から分離された代表的なCSFV株，ワクチン，豚細胞株，スペインで分離された卵巣株の汚染物質と塩基配列を比較した．

Methods: Sequences have been compared to the representative CSFV strains isolated from pigs, vaccines, and contaminants from porcine cell lines and an ovine strain isolated in Spain.

結果:

観察されたウシ由来の配列は、ブタで使用されている生ワクチン株との遺伝的関連性を示した。中国株S171の配列特性は、これまでに報告されているCSFV遺伝子型とは遺伝的に離れており、CSFV-dと命名された新しいアウトグループが存在することが示唆された。他の中国株は、CSFV遺伝子型a2（アルフォート型）豚株と遺伝的に密接に関連していた。インドではタミルナドゥ州とメガラヤ州から報告された株が、それぞれCSFV遺伝子型a1（ブレシア型）とa5の豚株に遺伝的に近縁であった。

Results: The observed sequences from cattle showed a genetic relatedness with live-attenuated vaccine strains used in pigs. Sequence characteristics of the Chinese strain S171 are genetically distant from the previously reported CSFV genotypes, suggesting a new outgroup in the species, described for the first time, and named CSFV-d. Other Chinese strains were genetically closely related to CSFV genotype a2 (Alfort type) pig strains. Indian strains, reported from the states of Tamil Nadu and Meghalaya, were genetically closely related to CSFV genotype a1 (Brescia type) and a5 pig strains, respectively.

結論:

これらの予備的な観察は、CSFV の制御および根絶戦略が適用されている国での新しい知見であり、関連性がある。

Conclusion: These preliminary observations are new and relevant in countries, where CSFV control and eradication strategies are applied.