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オーストラリアにおけるメロン壊死斑点ウイルスの発生と種子のインターセプトのゲノム解析
Genome Analysis of Melon Necrotic Spot Virus Incursions and Seed Interceptions in Australia.
PMID: 32484421 DOI: 10.1094/PDIS-04-19-0846-RE.
抄録
メロン壊死斑点ウイルス（MNSV）は、2012 年、2013 年、2016 年にオーストラリアのニューサウスウェールズ州とビクトリア州のサンレイジア地区で圃場栽培された（ロックメロン）植物と（スイカ）植物から検出され、2016 年にオーストラリア国境で試験された 2 つのスイカの種子ロットから検出された。ハイスループットシーケンシングを用いて、侵入および種子試験中に検出された6つの分離株のほぼ完全長のゲノムを作成した。ゲノムの系統解析から、オーストラリアへのMNSVの侵入は少なくとも2回あり、圃場で検出された分離株と種子で検出された分離株はいずれも同じではなかったことが示唆された。解析の結果、スイカの圃場サンプル1つ（L10）、ビクトリア州のロックメロンの圃場サンプル、2つの種子インターセプトサンプルはヨーロッパ起源である可能性があることが示された。その結果、スイカからの2つの分離株（L8およびL9）は、タイプMNSV株（MNSV-GA、D12536.2）と発散性があり、米国で採取された2つのヒト便からのMNSV分離株（KY124135.1、KY124136.1）と99％のヌクレオチド同一性を有していた。これらの分離株はまた、スペインのMNSV分離株（KT962848.1）の部分配列と高いヌクレオチドペアワイズ同一性（96％）を有していました。この解析は、以前に記載された3つのMNSV遺伝子型グループの同定を支持した。EU-LA、日本メロン、日本スイカであった。本研究で使用したMNSV単離株の宿主および地域の多様性を考慮して，EU-LA，日本メロンおよび日本スイカの遺伝子型グループをそれぞれグループI，IIおよびIIIに改称することが提案された．本研究で得られた発散性分離株L8、L9と米国からの便分離株は、第4の遺伝子型グループであるグループIVを形成した。ビクトリア州ロックメロンのMNSV発生現場から採取した土壌は、最初のMNSV検出から18ヶ月後に、生存可能なMNSVとウイルスベクターであるシトリッド菌（Sahtiyanci）Karlingを含んでいることが判明した。これは、オーストラリアでMNSVに汚染されたサイトから採取された土壌からの最初の報告である。
Melon necrotic spot virus (MNSV) was detected in field-grown (rockmelon) and (watermelon) plants in the Sunraysia district of New South Wales and Victoria, Australia, in 2012, 2013, and 2016, and in two watermelon seed lots tested at the Australian border in 2016. High-throughput sequencing was used to generate near full-length genomes of six isolates detected during the incursions and seed testing. Phylogenetic analysis of the genomes suggests that there have been at least two incursions of MNSV into Australia and none of the field isolates were the same as the isolates detected in seeds. The analysis indicated that one watermelon field sample (L10), the Victorian rockmelon field sample, and two seed interception samples may have European origins. The results showed that two isolates (L8 and L9) from watermelon were divergent from the type MNSV strain (MNSV-GA, D12536.2) and had 99% nucleotide identity to two MNSV isolates from human stool collected in the United States (KY124135.1, KY124136.1). These isolates also had high nucleotide pairwise identity (96%) to a partial sequence from a Spanish MNSV isolate (KT962848.1). The analysis supported the identification of three previously described MNSV genotype groups: EU-LA, Japan melon, and Japan watermelon. To account for the greater diversity of hosts and geographic regions of the MNSV isolates used in this study, it is suggested that the genotype groups EU-LA, Japan melon, and Japan watermelon be renamed to groups I, II, and III, respectively. The divergent isolates L8 and L9 from this study and the stool isolates from the United States formed a fourth genotype group, group IV. Soil collected from the site of the Victorian rockmelon MNSV outbreak was found to contain viable MNSV and the virus vector, a chytrid fungus, (Sahtiyanci) Karling, 18 months after the initial MNSV detection. This is a first report of from soil sampled from an MNSV-contaminated site in Australia.