SARS-CoV-2のヒト染色体1番上の遺伝子配列

/ /

日本語AIでPubMedを検索

PubMedの提供する医学論文データベースを日本語で検索できます。AI(Deep Learning)を活用した機械翻訳エンジンにより、精度高く日本語へ翻訳された論文をご参照いただけます。

In Vivo.2020 Jun;34(3 Suppl):1629-1632. 34/3_suppl/1629. doi: 10.21873/invivo.11953.

SARS-CoV-2のヒト染色体1番上の遺伝子配列

SARS-CoV-2 Gene Sequence in the Gene on Human Chromosome 1.

Steven Lehrer
Peter H Rheinstein

PMID: 32503821 DOI: 10.21873/invivo.11953.

抄録

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）は、ポジティブセンス一本鎖RNAウイルスです。ヒトに伝染し、コロナウイルス疾患2019（COVID-19）パンデミックの原因となっている。今回の解析では、ヒトゲノム内のSARS-CoV-2の配列を探索した。SARS-CoV-2ゲノムとヒトゲノムを比較するために、カリフォルニア大学サンタクルス校ゲノムブラウザのblast-like alignment tool（BLAT）を使用した。BLATは、25塩基以上のユーザー配列をゲノムにアラインメントすることができる。BLATによる検索の結果、ヒトゲノム中の117塩基対のSARS-CoV-2配列が94.6％の同一性を持っていることが判明した。この配列は、1番染色体1pのネットリンG1（NTNG1）遺伝子のイントロニック領域内にあった。この配列は、SARS-CoV-2 orf1b（オープンリーディングフレーム）遺伝子中の配列と一致した。SARS-CoV-2のヒト配列は、非構造タンパク質14および15（NSP14およびNSP15）の中にあり、904塩基対の配列であるNSP16だけで区切られたウイルスのスパイク配列に非常に近い。SARS-CoV-2感染のメカニズムは、ウイルススパイクタンパク質がアンジオテンシン変換酵素2の膜結合型に結合し、宿主細胞による複合体の内部化である。SARS-CoV-2 orf1b遺伝子に由来する配列が、統合失調症に関与するヒトNTNG1遺伝子に見出され、統合失調症の治療に用いられるハロペリドールもCOVID-19の治療薬である可能性があることは、おそらく偶然ではないだろう。したがって、他のハロペリドール類似体を調べることが重要であることを示唆している。それらの中には、ベンペリドール、ブロムペリドール、ブロムペリドールデカン酸塩、ドロペリドール、セペリドール塩酸塩、およびトリフルペリドールがある。これらのアナログはCOVID-19や他のコロナウイルス感染症の治療に有用であると考えられます。

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is a positive-sense single-stranded RNA virus. It is contagious in humans and is the cause of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. In the current analysis, we searched for SARS-CoV-2 sequences within the human genome. To compare the SARS-CoV-2 genome to the human genome, we used the blast-like alignment tool (BLAT) of the University of California, Santa Cruz Genome Browser. BLAT can align a user sequence of 25 bases or more to the genome. BLAT search results revealed a 117-base pair SARS-CoV-2 sequence in the human genome with 94.6% identity. The sequence was in chromosome 1p within an intronic region of the netrin G1 (NTNG1) gene. The sequence matched a sequence in the SARS-CoV-2 orf1b (open reading frames) gene. The SARS-CoV-2 human sequence lies within non-structural proteins 14 and 15 (NSP14 and NSP15), and is quite close to the viral spike sequence, separated only by NSP16, a 904-base pair sequence. The mechanism for SARS-CoV-2 infection is the binding of the virus spike protein to the membrane-bound form of angiotensin-converting enzyme 2 and internalization of the complex by the host cell. It is probably no accident that a sequence from the SARS-CoV-2 orf1b gene is found in the human NTNG1 gene, implicated in schizophrenia, and that haloperidol, used to treat schizophrenia, may also be a treatment for COVID-19. We suggest, therefore, that it is important to investigate other haloperidol analogs. Among them are benperidol, bromperidol, bromperidol decanoate, droperidol, seperidol hydrochloride, and trifluperidol. These analogs might be valuable in the treatment of COVID-19 and other coronavirus infections.