ヒトおよび動物由来のプロテウス・ミラビリスの単一系統：EnterobacteralesにおけるOXA-23またはOXA-58カルバペネマーゼの隠れた貯蔵庫

A single Proteus mirabilis lineage from human and animal sources: a hidden reservoir of OXA-23 or OXA-58 carbapenemases in Enterobacterales.

• Rémy A Bonnin
• Delphine Girlich
• Agnès B Jousset
• Lauraine Gauthier
• Gaëlle Cuzon
• Pierre Bogaerts
• Marisa Haenni
• Jean-Yves Madec
• Elodie Couvé-Deacon
• Olivier Barraud
• Nicolas Fortineau
• Philippe Glaser
• Youri Glupczynski
• Laurent Dortet
• Thierry Naas

抄録

Enterobacteralesでは、最も一般的なカルバペネマーゼはAmblerのクラスA（KPC様）、クラスB（NDM様、VIM様、IMP様）、またはクラスD（OXA-48様）の酵素である。本研究では、フランスおよびベルギーからヒトおよび動物用サンプルから回収された24のOXA-23またはOXA-58産生Proteus mirabilis分離株の特性について報告する。2013年から2018年の間に採取された22株のOXA-23産生株（n=21）またはOXA-58産生株（n=1）、および1996年と2015年に分離された2株の参照株を完全に配列決定した。系統解析の結果、1996年に分離された株を含む24株のうち22株は、ヒトや動物に長期間にわたって伝播してきた単一系統に属することが明らかになった。bla遺伝子は染色体上に位置し、複合トランスポゾンTn6703の一部であり、IS15∆IIの2コピーで括られていた。OXA-23を産生するP. mirabilis VACのPacbioロングリード技術を用いて塩基配列を決定したところ、この分離株のbla遺伝子を含む55.5kbの構造を構築することができた。これとは対照的に、P. mirabilis CNR20130297のbla遺伝子は6kbのプラスミド上に同定された。このプラスミド上でのbla遺伝子の獲得には、XerC-XerD組換え酵素が関与していた。この結果から、1996年以降、フランスとベルギーでは、OXA-23産生菌の主要なクローンが流通していることが示唆された。

In Enterobacterales, the most common carbapenemases are Ambler's class A (KPC-like), class B (NDM-, VIM- or IMP-like) or class D (OXA-48-like) enzymes. This study describes the characterization of twenty-four OXA-23 or OXA-58 producing-Proteus mirabilis isolates recovered from human and veterinary samples from France and Belgium. Twenty-two P. mirabilis isolates producing either OXA-23 (n = 21) or OXA-58 (n = 1), collected between 2013 and 2018, as well as 2 reference strains isolated in 1996 and 2015 were fully sequenced. Phylogenetic analysis revealed that 22 of the 24 isolates, including the isolate from 1996, belonged to a single lineage that has disseminated in humans and animals over a long period of time. The bla gene was located on the chromosome and was part of a composite transposon, Tn6703, bracketed by two copies of IS15∆II. Sequencing using Pacbio long read technology of OXA-23-producing P. mirabilis VAC allowed the assembly of a 55.5-kb structure encompassing the bla gene in that isolate. By contrast to the bla genes, the bla gene of P. mirabilis CNR20130297 was identified on a 6-kb plasmid. The acquisition of the bla gene on this plasmid involved XerC-XerD recombinases. Our results suggest that a major clone of OXA-23-producing P. mirabilis is circulating in France and Belgium since 1996.