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sp. nov.は洞窟から分離された菌であり，後に分離された
sp. nov., isolated from a cave, and is a later heterosynonym of .
PMID: 32538737 DOI: 10.1099/ijsem.0.004126.
抄録
洞窟内で採取した土壌から、グラム反応陽性、好気性、カタラーゼ陽性、酸化酵素陰性、非増殖性の放線菌C1-24を分離した。この菌は、成長期には桿菌の発生サイクルを示した。16S rRNA遺伝子に基づく系統解析の結果、この新規株は同属に属し、クラスターを含む放射線の基部に明瞭な亜系統を形成していることが示された。系統解析の結果、新規株は .に緩く関連していた。 近縁種は(98.01"Zs_200A"% 16S rRNA遺伝子配列類似度)と(98.01"Zs_200A"%)であった。ゲノムサイズは5.66Mbp、DNA G+C含量は64.30mol%であった。全細胞加水分解物には、診断用ジアミノ酸、糖として-ジアミノピメル酸、アラビノース、ガラクトースが含まれていた。メナキノンはMK-8(H)が優勢であった。極性脂質はジホスファチジルグリセロール、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルイノシトール、正体不明の糖脂質、正体不明のリン脂質３種であった。ミコール酸が存在していた。主要な脂肪酸はC、Cω9、Cω7および/またはCω6と10-メチルCであった。デジタルDNA-DNAハイブリダイゼーションおよび平均ヌクレオチド同一性値から、この新規株は別種に同定されるべきであることが明らかになった。以上の結果から、C1-24株（=KACC 19964=DSM 109484）は同属の新種であることが示唆された。また、16S rRNA遺伝子と全ゲノム配列の解析から、後の異種同音異名株であることが提案された。
A Gram-reaction-positive, strictly aerobic, catalase-positive, oxidase-negative, non-motile actinobacterium, designated C1-24, was isolated from a soil sample collected inside a natural cave. The organism exhibited a rod-coccus developmental cycle during its growth phase. Results of 16S rRNA gene-based phylogenetic analysis showed that the novel strain belonged to the genus and formed a distinct sublineage at the base of the radiation including a cluster. In the results of phylogenomic analysis, the novel strain was loosely associated to . The closest relatives were (98.01 % 16S rRNA gene sequence similarity) and (98.01 %). The genome size was 5.66 Mbp and the DNA G+C content was 64.30 mol%. Whole-cell hydrolysates contained -diaminopimelic acid, arabinose and galactose as the diagnostic diamino acid and sugars. MK-8(H) was the predominant menaquinone. The polar lipids were diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycerol, phosphatidylinositol, an unidentified glycolipid and three unidentified phospholipids. Mycolic acids were present. The major fatty acids were C, Cω9, Cω7 and/or Cω6 and 10-methyl C. Digital DNA-DNA hybridization and average nucleotide identity values revealed that the novel strain should be assigned to a different species. Based on the combined data obtained here, strain C1-24 (=KACC 19964=DSM 109484) represents a new species of the genus , for which sp. nov. is proposed. Also, it is proposed that is a later heterosynonym of based on analyses of 16S rRNA gene and whole-genome sequences.