301B/1、HPRS24、およびSB-1の3つのタイプ3株の比較分子解析

Comparative Molecular Characterization of Three Type 3 Strains 301B/1, HPRS24, and SB-1.

• Taejoong Kim
• Jeremy D Volkening
• Stephen J Spatz

抄録

マレック病（MD）は、2型によって引き起こされるニワトリの高伝染性リンパ増殖性疾患です。 3型（GaHV-3）株301B/1は、以前に七面鳥ヘルペスウイルスとの2価ワクチンとして使用されたときに相乗効果のある有効なMDワクチンであることが示されていました。GaHV-3株のヌクレオチド配列が決定されているのは2株のみであるため、Illumina MiSeq技術を用いて301B/1株のゲノム配列を求めた。系統解析の結果、301B/1は、GaHV-2のウイルス性株や弱毒株よりも、他のGaHV-3株（SB-1およびHPRS24）との近縁性が高いことが示された。301B/1のゲノム内には116個のオープンリーディングフレーム（ORF）が同定されており、108個のORFはSB-1およびHPRS24のゲノム内のホモログと高い類似性を示し、14個のORFはSB-1ゲノム内の対応するORFと高い相同性（90％以上の同一性）を示しています。Ｒ-ＬＯＲＦ８およびＲ-ＬＯＲＦ９遺伝子は、ＳＢ-１ゲノムに見られるコリニア遺伝子と最も異質であるが、ＨＰＲＳ２４ゲノム内のものと高度に相同性がある（９９％〜１００％の同一性）。全体として、301B/1ゲノムはSB-1ウイルスゲノム（99.1％）と最も類似しており、HPRS24ウイルスゲノム（97.7％）との類似度は低い。しかしながら、６つの301B/1 ORF（UL47、UL48、UL52、pp38、ICP4、およびUS10）が同定されており、SB-1ゲノムに見られる同族体との相対的な非同義置換を含んでいる。注目すべきことに、SB-1ゲノム内に見られる鳥類レトロウイルスの長末端リピート配列とは異なり、301B/1ゲノム内ではいずれも同定されなかった。

Marek's disease (MD) is a highly contagious lymphoproliferative disease of chickens caused by type 2. type 3 (GaHV-3) strain 301B/1 was previously shown to be an effective MD vaccine with synergistic efficacy when used as a bivalent vaccine with turkey herpesvirus. Since the nucleotide sequences of only two GaHV-3 strains have been determined, we sought to sequence the 301B/1 genome using Illumina MiSeq technology. Phylogenomic analysis indicated that 301B/1 is more closely related to other GaHV-3 strains (SB-1 and HPRS24) than to virulent or attenuated strains of GaHV-2. One hundred and twenty-six open reading frames (ORFs) have been identified within the 301B/1 genome with 108 ORFs showing a high degree of similarity to homologs found in the genomes of SB-1 and HPRS24; 14 ORFs are highly homologous (> 90% identity) with the corresponding ORFs within the SB-1 genome. The R-LORF8 and R-LORF9 genes are the most dissimilar to the collinear genes found in the SB-1 genome but are highly homologous (99%-100% identity) with those within the HPRS24 genome. Overall the 301B/1 genome is most similar to the SB-1 virus genome (99.1%) and to a lesser degree with the HPRS24 virus genome (97.7%). However, six 301B/1 ORFs (UL47, UL48, UL52, pp38, ICP4, and US10) have been identified that contain nonsynonymous substitutions relative to homologs found in the SB-1 genome. Notably, unlike the avian retrovirus long terminal repeat sequences found within the SB-1 genome, none were identified within the 301B/1 genome.

Caracterización分子比較デセパスデルポロティポ3セパス301B/1、HPRS24とSB-1。マレック（MD）の感染症は、先端2のポロによって引き起こされた花粉の高度に伝染性のlinfoproroliferativa感染症です。Se demostró previamente que la cepa 301B/1 del del pollo tipo 3 (GaHV-3) es una vacuna eficaz contra la enfermedad de Marek con eficacia sinérgica cuando se usa como una vacuna bivalente con el herpesvirus del pavo.GaHV-3の1つのセパスの核酸の分泌量を決定した後、イルミナMiSeqの技術を使用して301B/1のセパスのゲノムを取得することを確認しました。遺伝学的解析により、301B/1型は他のGaHV-3型（SB-1およびHPRS24）との関連性が高いことが明らかになり、また、GaHV-2型のウイルス性または毒性のある型と比較しても明らかになりました。301B/1株のゲノムの下にある126個の連続講義（ORF）と、SB-1株およびHPRS24株のゲノムの下にある108個の連続講義（ORF）を同定しました；14個の連続講義（ORF）は、SB-1株のゲノムの下にある対応する遺伝子と高度に類似しています（90％以上の同定）。R-LORF8とR-LORF9の遺伝子は、SB-1遺伝子の中では非常に異なっていたが、HPRS24遺伝子の中では非常に類似していた（同定率99％～100％）。一般的には、301B/1の属腫は、SB-1ウイルス属腫（99.1％）と非常に類似しており、HPRS24ウイルス属腫（97.7％）と比較しても劣ります。また、301B/1（UL47、UL48、UL52、pp38、ICP4およびUS10）では、SB-1遺伝子に類似した同族遺伝学的情報との関連性がないことが確認されました。特筆すべきは、レトロウイルスがSB-1遺伝子に感染していることを示す大規模な反復性末梢血はSB-1遺伝子に感染していたが、301B/1遺伝子に感染していたことが判明したことである。

Caracterización molecular comparativa de cepas de del pollo tipo 3 cepas 301B/1, HPRS24 y SB-1. La enfermedad de Marek (MD) es una enfermedad linfoproliferativa altamente contagiosa de los pollos causada por el del pollo tipo 2. Se demostró previamente que la cepa 301B/1 del del pollo tipo 3 (GaHV-3) es una vacuna eficaz contra la enfermedad de Marek con eficacia sinérgica cuando se usa como una vacuna bivalente con el herpesvirus del pavo. Dado que se han determinado las secuencias de nucleótidos de solo dos cepas de GaHV-3, se buscó secuenciar el genoma de la cepa 301B/1 utilizando la tecnología Illumina MiSeq. El análisis filogenómico indicó que la cepa 301B/1 está más estrechamente relacionado con otras cepas de GaHV-3 (SB-1 y HPRS24) en comparación con cepas virulentas o atenuadas de GaHV-2. Se han identificado 126 marcos de lectura continuos (ORF) dentro del genoma de la cepa 301B/1 con 108 marcos de lectura continuos que muestran un alto grado de similitud con los secuencias homólogas encontrados en los genomas de las cepas SB-1 y HPRS24; 14 marcos de lectura continuo son altamente similares (> 90% de identidad) con los correspondientes dentro del genoma de SB-1. Los genes R-LORF8 y R-LORF9 fueron los más diferentes a los genes colineales encontrados en el genoma de SB-1, pero son altamente similares (99% -100% de identidad) con aquellos dentro del genoma HPRS24. En general, el genoma de la cepa 301B/1 es más similar al genoma del virus SB-1 (99.1%) y en menor grado con el genoma del virus HPRS24 (97.7%). Sin embargo, se han identificado seis marcos de lectura continuos en 301B/1 (UL47, UL48, UL52, pp38, ICP4 y US10) que contienen sustituciones no sinónimas en relación con las secuencias homólogas encontradas en el genoma SB-1. Notablemente, a diferencia de las secuencias repetidas terminales largas del retrovirus aviar encontradas dentro del genoma de SB-1, ninguna se identificó dentro del genoma 301B/1.