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英国のバイオバンクにおけるクローン性造血によって引き起こされた大きなコピー数のバリアントは、浸透率推定を混乱させる可能性があります
Large Copy-Number Variants in UK Biobank Caused by Clonal Hematopoiesis May Confound Penetrance Estimates.
PMID: 32574563 DOI: 10.1016/j.ajhg.2020.06.001.
抄録
大型コピー数変異（CNV）は発達遅延と癌の両方に強く関連しているが、疾患の種類は変異がいつどこで発生したか、すなわち生殖細胞型か体細胞型かによって大きく異なる。我々は、英国バイオバンクのマイクロアレイデータを用いて、モザイク変異体の検出を目的としていない標準的なCNV検出アルゴリズムを用いて、大型常染色体CNVと染色体異数体の有病率と浸透率を調査した。その結果、10 Mb 以上のコピー数変化を有する 160 人の個体が見つかり、そのうち 56 人は全染色体異数体を有していた。19人（12％）はダウン症候群またはその他の発達障害の診断を受けており、84人（52.5％）は血液学的悪性腫瘍または慢性骨髄増殖性障害の診断を受けていた。特筆すべきことに、これらの大型CNVの多くは血液中にモザイクを形成していなかったため、体細胞突然変異が原因であっても生殖細胞対立遺伝子と容易に間違われる可能性があった。したがって、血液がんに関連する体細胞突然変異は、集団のバイオバンクからまれな変異の浸透率を誤って推定してしまう可能性があることを示唆している。
Large copy-number variants (CNVs) are strongly associated with both developmental delay and cancer, but the type of disease depends strongly on when and where the mutation occurred, i.e., germline versus somatic. We used microarray data from UK Biobank to investigate the prevalence and penetrance of large autosomal CNVs and chromosomal aneuploidies using a standard CNV detection algorithm not designed for detecting mosaic variants. We found 160 individuals that carry >10 Mb copy number changes, including 56 with whole chromosome aneuploidies. Nineteen (12%) individuals had a diagnosis of Down syndrome or other developmental disorder, while 84 (52.5%) individuals had a diagnosis of hematological malignancies or chronic myeloproliferative disorders. Notably, there was no evidence of mosaicism in the blood for many of these large CNVs, so they could easily be mistaken for germline alleles even when caused by somatic mutations. We therefore suggest that somatic mutations associated with blood cancers may result in false estimates of rare variant penetrance from population biobanks.
Copyright © 2020 American Society of Human Genetics. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.