院内感染性とフルオロキノロン系抗菌薬，テトラサイクリン系抗菌薬，トリメトプリム-スルファメトキサゾール系抗菌薬への感受性が明らかになった

Comparative genomics and antimicrobial resistance profiling of isolates reveals nosocomial transmission and susceptibility to fluoroquinolones, tetracyclines and trimethoprim-sulfamethoxazole.

• Delaney Burnard
• Letitia Gore
• Andrew Henderson
• Ama Ranasinghe
• Haakon Bergh
• Kyra Cottrell
• Derek S Sarovich
• Erin P Price
• David L Paterson
• Patrick N A Harris

抄録

本属菌は散発的な世界的院内感染病原体として近年世界的に注目されている。しかし、感染、世界的な菌株の関連性、抗菌薬耐性、効果的な治療法についての理解にはまだギャップがあります。オーストラリアのクイーンズランド州から 16 年間にわたり、22 の臨床分離株と 6 つの病院環境分離株が収集されました。MALDI-TOF MS（VITEK® MS）および全ゲノムシーケンスを用いて同定し、全世界の菌株データセットと比較しました。系統図の再構成により、22, 3, 2, 1, 1 の系統が強固に同定され、そのほとんどがユニークな系統として分岐していることがわかった。全球解析の結果、オーストラリアから分離された株の一部は、米国、英国、アジアから分離された株と遺伝的に密接に関連していることが明らかになった。また，臨床株と環境株の比較ゲノム解析から，患者からの院内感染が確認され，病院のリザーバーからの感染の可能性が示唆された．さらに，39種類の抗菌薬に対するブロスの微希釈により，アミノグリコシド，カルバペネム，セファロスポリン，ペニシリンに対してほぼユビキタスな耐性を示した．他の国際的な菌株と同様に，本菌もミノサイクリンやレボフロキサシンに感受性を示し，一般的ではないトリメトプリム/スルファメトキサゾールにも感受性を示した。今回の研究は，オーストラリアの菌種の遺伝的多様性，環境中での持続性，伝播性，有効な治療法の可能性についての重要な知見を示すものである。

The genus has gained global attention in recent years as a sporadic, worldwide, nosocomial pathogen. spp. are intrinsically multidrug resistant, primarily infect immunocompromised individuals, and are associated with high mortality (∼20-40%). Yet, gaps remain in our understanding of transmission, global strain relatedness, antimicrobial resistance and effective therapy. Over a 16-year period 22 clinical and six hospital environmental isolates were collected from Queensland, Australia. Identification using the MALDI-TOF MS (VITEK® MS) and whole-genome sequencing was compared with a global strain dataset. Phylogenomic reconstruction robustly identified 22 , three , two and one , most of which branched as unique lineages. Global analysisrevealed some Australian isolates are genetically closely related to strains identified from the USA, England and Asia. Comparative genomics of clinical and environmental strains identified evidence of nosocomial transmission in patients, indicating probable infection from a hospital reservoir. Furthermore, broth microdilution against 39 antimicrobials revealed almost ubiquitous resistance to aminoglycosides, carbapenems, cephalosporins and penicillins. Like other international strains, our isolates expressed susceptibility to minocycline and levofloxacin and the less common trimethoprim/sulfamethoxazole. Our study demonstrates important new insights into the genetic diversity, environmental persistence, transmission of and potential effective therapy for Australian species.

© Crown copyright 2020.