また、パルスフィールドゲル電気泳動と全ゲノムシーケンスベースのタイピングを比較した結果、緑膿菌による局所的なアウトブレイクの調査にパルスフィールドゲル電気泳動が有効であることが確認された

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J. Hosp. Infect..2020 Jun;S0195-6701(20)30298-X. doi: 10.1016/j.jhin.2020.06.013.Epub 2020-06-22.

また、パルスフィールドゲル電気泳動と全ゲノムシーケンスベースのタイピングを比較した結果、緑膿菌による局所的なアウトブレイクの調査にパルスフィールドゲル電気泳動が有効であることが確認された

Comparison of pulsed-field gel electrophoresis and whole-genome-sequencing-based typing confirms the accuracy of pulsed-field gel electrophoresis for the investigation of local Pseudomonas aeruginosa outbreaks.

D Martak
A Meunier
M Sauget
P Cholley
M Thouverez
X Bertrand
B Valot
D Hocquet

PMID: 32585172 DOI: 10.1016/j.jhin.2020.06.013.

抄録

エイム:

緑膿菌をモデルとした全ゲノム配列決定法（WGS）で定義されたクラスターに属する分離株をパルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）で正確に認識できるかどうかを検討した。

AIM: To determine whether pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) accurately recognizes isolates belonging to clusters defined by techniques based on whole-genome sequencing (WGS) using Pseudomonas aeruginosa as a model.

方法:

1998年から2012年の間にヨーロッパの7つの病院で分離されたST395 P. aeruginosaの65株を選抜した。分離株はPFGEで型別し，WGSで配列を決定した．3831遺伝子に基づくコアゲノム多座配列タイピング（cgMLST）解析は、自家製パイプラインを用いて行った。

METHODS: We selected 65 isolates of ST395 P. aeruginosa isolated in seven European hospitals between 1998 and 2012. Isolates were typed by PFGE and sequenced by WGS. A core genome multi-locus sequence typing (cgMLST) analysis based on 3831 genes was performed with a homemade pipeline.

研究成果:

PFGEは8つのパルスタイプを同定し、cgMLSTは9つのクラスターと9つのシングルトンを同定した。cgMLSTでは5つのクラスターとパルスタイプ（31/65株）が完全に一致していた。疫学的な関連性が明らかでない分離株はcgMLSTで都市別に分離されていた（16/65株）．重要なことは、ハイパーミュータ分離株は依然として親株（16/65株）とパルソタイプを共有していたが、cgMLSTでは認識されなかったことである。このことから、PFGEはWGSベースのタイピングよりも、流行性緑膿菌で発生する遺伝的ドリフトの加速による影響を受けにくいことが示された。

FINDINGS: PFGE identified eight pulsotypes and cgMLST differentiated nine clusters and nine singletons. Five cgMLST clusters and pulsotypes (31/65 isolates) coincided perfectly. Isolates without evident epidemiological links grouped by PFGE were separated by cgMLST (16/65 isolates) differentiating cities, suggesting that PFGE should be kept for the investigation of local outbreaks. Importantly, hypermutator isolates still shared the pulsotype with their parents (16/65 isolates), whereas they were not recognized by cgMLST. This shows that PFGE was less affected than WGS-based typing by the accelerated genetic drift that occurs in epidemic P. aeruginosa.

結論:

WGSベースのタイピングは論理的には新しい基準となっているが、我々はここでPFGEが緑膿菌による局所発生の調査に自信を持って使用できることを示した。

CONCLUSIONS: although WGS-based typing has logically become the new reference standard, we show here that the PFGE can be used with confidence for the investigation of local outbreaks caused by P. aeruginosa.