単細胞ゲノム応用のための脂肪組織核の単離

Isolation of Adipose Tissue Nuclei for Single-Cell Genomic Applications.

• Gabrielle J Benitez
• Kosaku Shinoda

抄録

茶色とベージュの脂肪は、UCP1（Uncoupling Protein-1）に依存した独立した経路により、熱発育のためのエネルギーを散逸させる特殊な脂肪組織である。最近まで、発熱性脂肪細胞は均質な集団と考えられていた。しかし、最近の研究では、発生の起源、基質の利用、およびトランスクリプトームにおいて異なる複数のサブタイプまたはサブ集団が存在することが示されている。単細胞ゲノミクスの進歩にもかかわらず、脂肪組織の細胞サブタイプへの偏りのない分解は、脂質で満たされた脂肪細胞の壊れやすい性質のために困難であった。今回発表したプロトコルは、RNAシーケンスを含む下流のアプリケーションのために、脂肪組織から単核を効果的に分離することによって、これらの障害を回避するために開発されました。細胞の不均一性は、その後、RNAシーケンスとバイオインフォマティクス解析によって分析することができます。

Brown and beige fat are specialized adipose tissues that dissipate energy for thermogenesis by UCP1 (Uncoupling Protein-1)-dependent and independent pathways. Until recently, thermogenic adipocytes were considered a homogeneous population. However, recent studies have indicated that there are multiple subtypes or subpopulations that are distinct in developmental origin, substrate use, and transcriptome. Despite advances in single-cell genomics, unbiased decomposition of adipose tissues into cellular subtypes has been challenging because of the fragile nature of lipid-filled adipocytes. The protocol presented was developed to circumvent these obstacles by effective isolation of single nuclei from adipose tissue for downstream applications, including RNA sequencing. Cellular heterogeneity can then be analyzed by RNA sequencing and bioinformatic analyses.