テキサス州全域の保護犬から得られた Salmonella Enterica 分離株の配列解析

Sequence analysis of Salmonella enterica isolates obtained from shelter dogs throughout Texas.

• Kevin J Cummings
• Patrick K Mitchell
• Lorraine D Rodriguez-Rivera
• Laura B Goodman

抄録

犬はサルモネラ菌の人獣共通感染源となる可能性がある．我々は以前、反復横断的研究デザインを用いて、テキサス州全域のシェルター犬におけるサルモネラ菌の脱落の有病率を推定したことがある。今回の目的は、全ゲノムシークエンシングを用いて、分離されたサルモネラ菌を完全に特徴づけ、それらの関連性を評価することであった。4/27（15％）の分離株から抗菌薬耐性（AMR）遺伝子が検出された。フォスフォマイシン耐性遺伝子fosA7は2株から検出されたが，イヌサルモネラ菌での検出例は報告されていなかった．第四級アンモニウム化合物に対する耐性を示す殺生物剤耐性遺伝子qacEdelta1は、4つのAMR遺伝子を追加した1株から検出された。最も多く検出された血清型は、Newport（6/27、22％）とJaviana（4/27、15％）で、いずれも動物保護施設で広く見られた。これらの血清型については、シェルター環境内でのサルモネラ菌の感染とシェルター内へのサルモネラ菌の個別の導入の両方の証拠がありました。イヌから分離されたサルモネラ菌のいくつかは、ヒトから分離された臨床分離株と密接に関連していました（イヌから10 SNPs以内に4株、20 SNPs以内に6株が分離されていました）。サルモネラ菌やその他のイヌ関連の人獣共通感染症病原体に関する知識を最適化するためには、動物保護施設の職員を対象とした教育的アウトリーチプログラムが有用であると考えられる。

Dogs are a potential source of zoonotic Salmonella transmission. We had previously estimated the prevalence of Salmonella shedding among shelter dogs throughout Texas using a repeated cross-sectional study design. Our current objectives were to fully characterize the Salmonella isolates and to assess their relatedness, using whole-genome sequencing. Antimicrobial resistance (AMR) genes were detected in 4/27 (15%) of the isolates. The fosfomycin resistance gene fosA7 was identified in two isolates; to our knowledge, there are no published reports of this gene in canine Salmonella isolates. The biocide resistance gene qacEdelta1, conferring resistance to quaternary ammonium compounds, was detected in an isolate that had four additional AMR genes. The most frequently identified serotypes were Newport (6/27, 22%) and Javiana (4/27, 15%), both of which were widespread among animal shelters. For these serotypes, there was evidence of both transmission of Salmonella within the shelter environment and separate introductions of Salmonella into a shelter. Several canine Salmonella isolates were closely related to human clinical isolates (four canine isolates within 10 SNPs and six more within 20 SNPs), suggesting a shared pathogen population. Educational outreach programmes targeting animal shelter workers would be useful for optimizing knowledge of Salmonella and other canine-associated zoonotic pathogens.

© 2020 The Authors. Veterinary Medicine and Science Published by John Wiley & Sons Ltd.