インド洋から単離されたsp

sp. nov., isolated from the Indian Ocean.

• Xudong Shen
• Sidong Zhu
• Bingxia Dong
• Yong Chen
• Zehao Xue
• Na Ren
• Ting Chen
• Xiunuan Chen
• Jifang Yang
• Jigang Chen

抄録

インド洋の海水サンプルからグラム染色陰性菌345S023を分離した。16S rRNAの塩基配列解析の結果、345S023は本属に属し、近縁種は1株（98.7"Zs_200A"%）、F-32株（98.6"Zs_200A"%）、LMG 24078株（98.6"Zs_200A"%）であることが明らかになった。最新の細菌コア遺伝子セット解析により、345S023はH17と系統を形成していることが明らかになった。345S023が新種であることは、ゲノム解析の結果からも裏付けられた。ペアワイズＤＮＡ-ＤＮＡハイブリダイゼーションおよび平均ヌクレオチド同一性値は、提案されている一般的に認められている種の境界よりもはるかに低かった。株345S023は、唯一のイソプレノイドキノンとしてユビキノン-8(Q-8)を含み、主要な細胞性脂肪酸としては、3(Cω7および/またはCω6)、CおよびCω7を含む(>10"Zs_200A"%)、主要な極性脂質としてホスファチジルグリセロールおよびホスファチジルエタノールアミンを含むことがわかった。345S023株のゲノムは4.4Mbの染色体からなり、DNAのG+C含量は44.4"Zs_200A"%であった。これらのゲノム、化学的タキソニックスおよび表現型の特徴に基づいて、我々は新種であるsp.型株は345S023(=JCM 33893=MCCC 1K04570)である。

A Gram-staining-negative bacterium, designated 345S023, was isolated from a sea water sample from the Indian Ocean. The results of 16S rRNA gene sequence analysis revealed that 345S023 represents a member of the genus , with closely related type strains 1 (98.7 %), F-32 (98.6 %) and LMG 24078 (98.6 %). Up-to-date bacterial core gene set analysis revealed that 345S023 formed a phyletic lineage with H 17. The case for 345S023 representing a novel species was supported by genomic results. Pairwise DNA-DNA hybridization and average nucleotide identity values were much lower than the proposed and generally accepted species boundaries. Strain 345S023 contains ubiquinone-8 (Q-8) as the sole isoprenoid quinone, summed featured 3 (Cω7 and/or Cω6), C and Cω7 as the dominant cellular fatty acids (>10 %), and phosphatidylglycerol and phosphatidylethanolamine as the major polar lipids. The genome of strain 345S023 consisted of a 4.4 Mb chromosome with a DNA G+C content of 44.4 %. On the basis of these genomic, chemotaxonomic and phenotypic characteristics, we propose a novel species: sp. nov. The type strain is 345S023(=JCM 33893=MCCC 1K04570).