Genome3D構造アノテーションコンソーシアム

The Genome3D Consortium for Structural Annotations of Selected Model Organisms.

• Vaishali P Waman
• Tom L Blundell
• Daniel W A Buchan
• Julian Gough
• David Jones
• Lawrence Kelley
• Alexey Murzin
• Arun Prasad Pandurangan
• Ian Sillitoe
• Michael Sternberg
• Pedro Torres
• Christine Orengo

抄録

Genome3Dコンソーシアムは、英国に拠点を置く世界をリードする6つの構造バイオインフォマティクスグループ（Blundell, Murzin, Gough, Sternberg, Orengo, Jones）が開発したタンパク質構造予測およびアノテーションリソースを含む共同プロジェクトです。Genome3Dの主な目的は、CATH-Gene3D、DOMSERF、pDomTHREADER、PHYRE、SUPERFAMILY、FUGUE/TOCATTA、VIVACEなどの研究室で開発されたリソースを使用して、モデル生物のタンパク質の予測モデルとアノテーションの両方を提供するための共通のポータルとしての役割を果たしています。これらのリソースは、主にSCOPおよび/またはCATHベースのタンパク質ドメイン割り当てを使用しています。Genome3Dのもう一つの目的は、CATHとSCOPデータベースのタンパク質ドメインの構造分類を比較し、CATHとSCOPタンパク質スーパーファミリーのコンセンサスマッピングを提供することです。現在、Genome3Dは、ホモサピエンス、シロイヌナズナ、ムスクルス、大腸菌、サッカロミセス・セレビシエ、線虫、ショウジョウバエ・メラノガスター、ファルシパルム原虫、黄色ブドウ球菌、シゾサッカロミセス・ポンベの10種類のモデル生物の構造アノテーションを提供しています。このように、Genome3Dは、各構造予測/アノテーションリソースへの共通のゲートウェイとして機能し、ユーザーは予測値の比較評価を行うことができます。これにより、研究者は、選択されたモデル生物における興味のあるクエリタンパク質の構造/機能予測の視野を広げることができます。

Genome3D consortium is a collaborative project involving protein structure prediction and annotation resources developed by six world-leading structural bioinformatics groups, based in the United Kingdom (namely Blundell, Murzin, Gough, Sternberg, Orengo, and Jones). The main objective of Genome3D serves as a common portal to provide both predicted models and annotations of proteins in model organisms, using several resources developed by these labs such as CATH-Gene3D, DOMSERF, pDomTHREADER, PHYRE, SUPERFAMILY, FUGUE/TOCATTA, and VIVACE. These resources primarily use SCOP- and/or CATH-based protein domain assignments. Another objective of Genome3D is to compare structural classifications of protein domains in CATH and SCOP databases and to provide a consensus mapping of CATH and SCOP protein superfamilies. CATH/SCOP mapping analyses led to the identification of total of 1429 consensus superfamilies.Currently, Genome3D provides structural annotations for ten model organisms, including Homo sapiens, Arabidopsis thaliana, Mus musculus, Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Plasmodium falciparum, Staphylococcus aureus, and Schizosaccharomyces pombe. Thus, Genome3D serves as a common gateway to each structure prediction/annotation resource and allows users to perform comparative assessment of the predictions. It, thus, assists researchers to broaden their perspective on structure/function predictions of their query protein of interest in selected model organisms.