体性腫瘍の次世代シークエンシングアッセイの性能基準としての生合成コントロールの使用。多施設共同研究

Use of Biosynthetic Controls as Performance Standards for Next-Generation Sequencing Assays of Somatic Tumors: A Multilaboratory Study.

• Francine B De Abreu
• Jason D Peterson
• Sophie J Deharvengt
• Robert Daber
• Vishal K Sarsani
• Vanessa Spotlow
• Robin D Harrington
• Chih-Jian Lih
• P Mickey Williams
• Courtney H Bouk
• Yves Konigshofer
• Catherine Huang
• Bharathi Anekella
• Lorn Davis
• Russell K Garlick
• Andrea Ferreira-Gonzalez
• Catherine I Dumur
• Helen Fernandes
• Stephen Haralampu
• Gregory J Tsongalis

抄録

背景:

次世代シーケンシング（NGS）アッセイは非常に複雑な検査であり、その設計と用途の両方で大きく異なる可能性があります。数え切れないほどの利点があるにもかかわらず、NGSアッセイには、前処理、ライブラリの準備、データ解析、および報告に関連したいくつかのユニークな課題があります。多くの専門的な検査機関によると、精度の高い結果を保証するためには、分析の検証段階と日常臨床での使用の両方でコントロール材料を含めるべきだとされています。SeraseqTM Solid Tumor Mutation Mix AF10およびAF20対照物質は、ゲノムDNAバックグラウンドの26の生合成DNAコンストラクトで構成されており、それぞれが関心のある特定の変異または突然変異、および2つの異なる対立遺伝子頻度10%および20%の内部品質マーカーを含んでいます。この共同研究の目的は、Seraseq AF10 および AF20 コントロールマテリアルのコントロールマテリアルとしての性能を検証し、臨床検査に不可欠な品質指標を測定する能力を評価することによって、Seraseq AF10 および AF20 コントロールマテリアルを評価することにあります。

BACKGROUND: Next-generation sequencing (NGS) assays are highly complex tests that can vary substantially in both their design and intended application. Despite their innumerous advantages, NGS assays present some unique challenges associated with the preanalytical process, library preparation, data analysis, and reporting. According to a number of professional laboratory organization, control materials should be included both during the analytical validation phase and in routine clinical use to guarantee highly accurate results. The SeraseqTM Solid Tumor Mutation Mix AF10 and AF20 control materials consist of 26 biosynthetic DNA constructs in a genomic DNA background, each containing a specific variant or mutation of interest and an internal quality marker at 2 distinct allelic frequencies of 10% and 20%, respectively. The goal of this interlaboratory study was to evaluate the Seraseq AF10 and AF20 control materials by verifying their performance as control materials and by evaluating their ability to measure quality metrics essential to a clinical test.

方法:

性能特性は、CLIAに認定された6つの検査室と1つの研究室の間で評価された。

METHODS: Performance characteristics were assessed within and between 6 CLIA-accredited laboratories and 1 research laboratory.

結果:

ほとんどの検査施設では、関心のある26の突然変異をすべて検出したが、内部品質マーカーに関わるいくつかの不一致が観察された。

RESULTS: Most laboratories detected all 26 mutations of interest; however, some discrepancies involving the internal quality markers were observed.

結論:

この共同研究では、Seraseq AF10およびAF20コントロールマテリアルは、高品質、安定性、およびバリアントタイプのゲノム複雑性を有しており、NGSアッセイの分析検証およびルーチンの臨床アプリケーションのモニタリングに適していることが示されました。

CONCLUSION: This interlaboratory study showed that the Seraseq AF10 and AF20 control materials have high quality, stability, and genomic complexity in variant types that are well suited for assisting in NGS assay analytical validation and monitoring routine clinical applications.

© 2017 American Association for Clinical Chemistry.